Визуализация молекул в JMol
| Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре | ||
|---|---|---|
| Аминокислотные остатки | Длина связи, Å | Угол связи, o |
| α-спирали | ||
| [ALA]7:A.O - [TRP]11:A.N | 2.99 | 154.6 |
| [VAL]8:A.O - [VAL]12:A.N | 2.96 | 167.3 |
| [GLN]63:A.O - [LYS]67:A.N | 2.92 | 150.6 |
| β-листы | ||
| [ILE]78:A.N - [GLY]86:A.O | 2.77 | 145.6 |
| [ILE]80:A.N - [ASP]83:A.O%A | 2.91 | 153.4 |
| [ILE]78:A.O - [GLY]86:A.N | 3.23 | 163.1 |
Полученные измерения водородных связей в α-спиралях и β-листах подходят и под критерии IUPAC[1], то есть входят в интервалы 140-180о и 2-3.5 Å, что показывает высокую вероятность их существования в исследуемом белке. Также в моём белке наблюдались водородные связи, не соответсвующие критериям IUPAC, но они показаны не были, так как сочлись маловероятными.
Литература:
- IUPAC Recommendations 2011: Definition of the hydrogen bond.