Левин И., Семестры

С этой страницы вы можете перейти в любой сделанный мною практикум любого семестра.

1-й семестр: Начало...

Всякие мелкие задания

Миниобзор протеома бактерии

2-й семестр:
Структуры и последовательности белков

3D структуры белков

3. Визуализация молекул в JMol

4. Атлас контактов

Банки белковых последовательностей

8. Описание белка по UniProt

9. Сравнение протеомов, EMBOSS

Выравнивание белковых последовательностей

10. Алгоритмы выравнивания, Jalview

11. Программа BLAST

12. Отличия между выравниваниями, карта локального сходства

13. База данных Pfam, проверка выравнивания по совмещению структур

Летняя практика "на ЗБС"

Зоология позвоночных

3-й семестр:
Структуры и последовательности НК

Пространственные структуры НК

2. Химическое строение нуклеиновых кислот

3. A- и В- формы ДНК. Структура РНК

4. Предсказание вторичной структуры тРНК. Комплексы ДНК-белок

Последовательности НК

6. Секвенирование по Сэнгеру. Анализ хроматограмм

7. Банки нуклеотидных последовательностей

8. Нуклеотидный BLAST

9. Команды EMBOSS, BLAST+

10. Выравнивание геномов, NPG-explorer

Секвенирование нового поколения (NGS)

11. Подготовка данных NGS для картирования

12. Картирование подготовленных данных на геном

13. Поиск вариантов

14. Анализ RNA-seq

15. Сборка de novo

4-й семестр:
Эволюция последовательностей

Молекулярная филогения

1. Филогенетическое дерево

2. Реконструкция филогении

3. Укоренение, бутстреп-анализ деревьев

4. Филогения: ортологи и паралоги

Мотивы и профили

6. Поиск мотивов, MEME

7. Поиск сайтов по мотиву, FIMO

8. Проверка недопредставленности, PSI-BLAST

9. HMM-профиль семейства белков

Браузеры последовательностей

11. Базы Gene Ontology, STRING и Human Protein Atlas

12. Метаболические пути, KEGG