Браузеры последовательностей
Часть 1: Gene Ontology
Вопрос 1
Название моего файла с ID: list15.txt;
Количество ID в списке: 33;
Вопрос 2
Сколько ID участвовало в анализе обогащения: 33;
При этом почему-то выдало это:
И лично я не могу понять, почему 33 из 34, если в общей сумме я забивал 33... Грешу на символ переноса строки только.
Вопрос 3
Количество GO terms в выдаче: 124 штуки. Они отфильтрованы по FDR P < 0.05 (поправленное P-value). Если фильтр снять, то GO terms может оказаться и больше.
Вопрос 4
Самые значимые GO terms (топ 10):
- sterol metabolic process (GO:0016125);
- cholesterol metabolic process (GO:0008203);
- secondary alcohol metabolic process (GO:1902652);
- steroid metabolic process (GO:0008202)
- cholesterol biosynthetic process (GO:0006695)
- secondary alcohol biosynthetic process (GO:1902653);
- sterol biosynthetic process (GO:0016126);
- steroid biosynthetic process (GO:0006694);
- organic hydroxy compound metabolic process (GO:1901615);
- alcohol metabolic process (GO:0006066).
Вопрос 5
Вопрос 6
Анализ полученных результатов: как мы можем заметить, 5 самых значимх GO terms оказались у нас метаболическими процессами, причем все они связаны между собой связями "Is a", что говорит нам о том, что 5 наших значимых GO terms в контексте наших ID являются одним и тем же метаболическим процессом - биосинтезом холестерола. Довольно интересно получилось :)
Вопрос 7
Взаимосвязь последовательностей, закодированных под моими ID: насколько я понял, все они участвуют в биосинтезе какой-то органической молекулы (видимо, холестерола). Это, собственно, главное, что их объединяет. Но при этом много GO terms более обобщенных про биосинтез разных биомолекул и просто органических молекул, поэтому, скорее всего, холестерол является только одним из веществ, в синтезе которого мои "последовательности" могут участвовать. При этом нельзя исключать и каких-нибудь метаболических процессов, не направленных на синтез чего-либо, так как "метаболический процесс" - довольно обширное понятие.
Часть 2: STRING
Вопрос 1
Вопрос 2
Для 30 узлов из 33 показано наличие 3D структур.
Вопрос 3
Узлы моего графа связаны следующими типами взаимодействий:
- from curated databases;
- experimentally determined;
- gene neighborhood;
- gene fusions;
- gene co-occurrence;
- textmining;
- co-expression;
- protein homology.
Вопрос 4
Консервативность ID моего списка:
В принципе, консервативность достаточно высокая, особенно для эукариот (отдельно можно выделить кладу Опистоконт с ОЧЕНЬ высоким уровнем консервативности); во всех остальных кладах представлены ортологи более-менее всех ID (стоит выделить вид Giardia intestinalis, где представлены ортологи меньшинства ID, при это с низкой консервативностью).
В кладах архей и бактерий общая консервативность заметно ниже, чем в эукариотах, а некоторые ID вообще не представлены (LCAT, PMVK, SOAT1, SOAT2, EBP и др.). Но и при этом есть хорошо представленные ID с высокой консервативностью: ACAT2, HMGCL, HMGCLL1, NSDHL и др.
Вопрос 5
Совместная экспрессия ID моего списка: как можно в принципе заметить, коэкспрессия моих ID достаточно невелика у человека, но в это же время она очень высока у других организмов (обнаружена у 8 видов; напр. мышь). При этом всё-таки у человека есть несколько ID нашего списка, у которых заметный уровень коэкспрессии (HMGCS1 и [MSMO1, HMGCR, SQLE]; CYP51A1 и [IDI1, FDFT1]; а также менее заметная коэкспрессия у ряда других ID).
Часть 3: Human Protein Atlas
Вопрос 1
Я выбрал MVD (Mevalonate diphosphate decarboxylase).
Вопрос 2
Описание ID: это у нас фермент, участвующий в биосинтезе холестерола на раннем этапе: он катализирует превращение мевалонат-пирофосфата в изопентил-пирофосфат, то есть декарбоксилирует и дегидратирует субстрат для биосинтеза холестерола (с гидролизом АТФ).
Вопрос 3
Специфика моего ID для мозга: как можно заметить по Brain Atlas (см. рис. 5), экспрессия мевалонатдифосфатдекарбоксилазы не специфична ни для одного участка мозга человека, свиньи и мыши.
Вопрос 4
Специфическая субклеточная локализация MVD: как нам говорит Human Protein Atlas, доказано, что в клетке MVD локализован преимущественно в цитозоле, а также дополнительно в белковых комплексах межклеточных контактов (Cell junctions).
Вопрос 5
Различие экспрессии РНК и белка MVD: как можно заметить, почти во всех органах экспрессия РНК и белка нашего ID примерно равна, но при этом в крови вообще нет белка, в глазу почти нет белка, для поджелудочной железы и проксимального пищеварительного тракта характерно наличие большего количества РНК, нежели ДНК, а для лёгких, почек, половой системы и мягких тканей - наоборот.
Вопрос 6
Экспрессия моего ID, как РНК: если рассматривать мой ID, как РНК, то больше всего он экспрессируется в двенадцатиперстной кишке, пищеводе, коре головного мозга и скелетной мускулатуре; меньше же всего он экспрессируется в гранулоцитах (белые клетки крови).
