Практическая работа №2

Задание 1

Задание 2

В сторону большой бороздки обращены атомы C6, N6, C5, N7, C8.
В сторону малой бороздки обращены атомы C4, N3, C2, N1.

	A-форма	B-форма	*Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	левая
Шаг спирали (Å)	28.03	33.75	43.5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	16.97([DG]29)	17.21([DA]10)	15.17([DG]13)
Ширина малой бороздки	7.98([DG]29)	11.69([DA]10)	7.2([DG]13)

Задание 3

Упр.1
файл в excel Таблица со средними значениями торсонных углов:

Заданная структура наиболее похожа на А-форму. Самые обольшие отклонения в ДНК по углам имеют следующие нуклеотиды:
Strand1 - 36C(по двум углам), 3C, 20G, 2A, 17A, 38A. Strand2 - 20C, 31T, 22T, 28G(по трем углам), 26G.
В тРНК: Strand1 - 23G(по двум углам), 16A, 27A, 7U, 29U, 28G. Strand2 - 26G(по двум углам), 15U, 13A(по трем углам), 28C.
Упр.2

Акцепторный стебель:
   1   (0.008) ....>A:...1_:[..G]G-----C[..C]:..72_:A<.... (0.006)   
   2   (0.006) ....>A:...2_:[..C]C-----G[..G]:..71_:A<.... (0.013)   
   3   (0.021) ....>A:...3_:[..G]G-----C[..C]:..70_:A<.... (0.018)   
   4   (0.018) ....>A:...4_:[..G]G-*---U[..U]:..69_:A<.... (0.015)   
   5   (0.018) ....>A:...5_:[..A]A-----U[..U]:..68_:A<.... (0.011)   
   6   (0.011) ....>A:...6_:[..U]U-----A[..A]:..67_:A<.... (0.020)   
   7   (0.008) ....>A:...7_:[..U]U-----A[..A]:..66_:A<.... (0.016)   
D-стебель:
  23   (0.018) ....>A:..10_:[2MG]g-----C[..C]:..25_:A<.... (0.011)   
  24   (0.005) ....>A:..11_:[..C]C-----G[..G]:..24_:A<.... (0.013)   
  25   (0.012) ....>A:..12_:[..U]U-----A[..A]:..23_:A<.... (0.030)   
  26   (0.013) ....>A:..13_:[..C]C-----G[..G]:..22_:A<.... (0.017)   
T-стебель:
   8   (0.020) ....>A:..49_:[5MC]c-----G[..G]:..65_:A<.... (0.017)   
   9   (0.024) ....>A:..50_:[..U]U-----A[..A]:..64_:A<.... (0.014)   
  10   (0.030) ....>A:..51_:[..G]G-----C[..C]:..63_:A<.... (0.016)   
  11   (0.020) ....>A:..52_:[..U]U-----A[..A]:..62_:A<.... (0.016)   
  12   (0.027) ....>A:..53_:[..G]G-----C[..C]:..61_:A<.... (0.012)   
Антикодоновый стебель:	
  17   (0.004) ....>A:..39_:[PSU]P-**--A[..A]:..31_:A<.... (0.007)   
  18   (0.005) ....>A:..40_:[5MC]c-----G[..G]:..30_:A<.... (0.013)   
  19   (0.013) ....>A:..41_:[..U]U-----A[..A]:..29_:A<.... (0.019)   
  20   (0.010) ....>A:..42_:[..G]G-----C[..C]:..28_:A<.... (0.007)   
  21   (0.025) ....>A:..43_:[..G]G-----C[..C]:..27_:A<.... (0.011)   
  22   (0.015) ....>A:..44_:[..A]A-**--g[M2G]:..26_:A<.... (0.013)   	
Неканонические пары:
  14   (0.024) ....>A:..55_:[PSU]P-**+-G[..G]:..18_:A<.... (0.028)   
  16   (0.008) ....>A:..38_:[..A]A-**--c[OMC]:..32_:A<.... (0.008)   
  17   (0.004) ....>A:..39_:[PSU]P-**--A[..A]:..31_:A<.... (0.007)   
  22   (0.015) ....>A:..44_:[..A]A-**--g[M2G]:..26_:A<.... (0.013)   
  29   (0.188) ....>A:..16_:[H2U]u-**+-U[..U]:..59_:A<.... (0.029)   
  4    (0.018) ....>A:...4_:[..G]G-*---U[..U]:..69_:A<.... (0.015)
Пары, не принимающие участия в формировании стебля, но выполняющие функцию стабилизации третичной структуры тРНК:     	
  13   (0.010) ....>A:..54_:[5MU]t-**--a[1MA]:..58_:A<.... (0.012)   
  14   (0.024) ....>A:..55_:[PSU]P-**+-G[..G]:..18_:A<.... (0.028)   
  15   (0.015) ....>A:..36_:[..A]A-**--U[..U]:..33_:A<.... (0.014)   
  16   (0.008) ....>A:..38_:[..A]A-**--c[OMC]:..32_:A<.... (0.008)   
  28   (0.021) ....>A:..15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48_:A<.... (0.015)   
  29   (0.188) ....>A:..16_:[H2U]u-**+-U[..U]:..59_:A<.... (0.029)   
  30   (0.026) ....>A:..19_:[..G]G-----C[..C]:..56_:A<.... (0.014)