Информация о бактерии Geobacter sulfurreducens штамм PCA
Бактерия Geobacter sulfurreducens была впервые найдена в образце почвы, загрязнённой углеводородами (Норман, штат Оклахома). Окисляет ацетаты до оксида углерода (IV) и воды, уменьшая содержание в почве таких веществ как сера, фумараты, металлы и некоторые оксиды металлов [1]. Не является патогенной. Также установлено, что G.sulfurreducens является анаэробной грамм-отрицательной бактерией [2]. На Рис. 1 изображена микрофотография данной бактерии.
Рисунок 1. Микрофотография G.sulfurreducens штамм PCA. Рисунок взят с сайта коллектора секвенированных геномов бактерий (http://bacmap.wishartlab.com)
Геном бактерии G.sulfurreducens, штамм PCA, состоит из одной хромосомы, т.е. из одной двухцепочечной кольцевой молекулы ДНК. Он описан в записи NC_002939.5 базы данных RefSeq. Длина генома – 3 814 128 пар нуклеотидов. В записи приведена последовательность одной из двух комплементарных цепей ДНК.
По данным из записи NC_002939.5, в геноме закодировано 3 711 генов. Из них 3 430 кодируют белки, остальные 281 кодируют РНК. Указан 41 псевдоген, т.е. последовательности нуклеотидов, ранее кодировавшие белки, но в процессе эволюции способность бактериальной клетки экспрессировать белки с этих последовательностей была утрачена.
Описание оперона АТФ-синтазы в геноме G.sulfurreducens штамм PCA
АТФ-синтаза – белок, состоящий из многих субъединиц, главная функция которого состоит в синтезе АТФ – молекул, аккумулирующих энергию. α-субъединица АТФ-синтазы закодирована на прямой цепи, см. рис. 2, на котором её ген обозначен atpA.
Рисунок 2. Окрестность гена atpA в геноме G.sulfurreducens штамм PCA. Приведен участок хромосомы с координатами 118353..134082. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
На рис. 2 можно увидеть все со-направленные с atpA гены (все гены расположены на прямой цепи ДНК – ориентация +1). Все со-направленные гены описаны также в таблице 1. Из таблицы следует, что возможный оперон включает 11 белков, из которых 7 описаны как компоненты АТФ синтазы.
Таблица 1. Гены, предположительно, входящие в один оперон с геном atpA.
| № | Координаты гена в геноме (begin..end) | Идентификатор белка (protein_id) | Продукт гена по данных NCBI (product) | Перевод названия продукта на русский язык |
| 1 | 123554..123979 | NP_951170.1 | ATP synthase F0, B' subunit | B'-субъединица АТФ-синтазы Fo |
| 2 | 123982..124602 | NP_951171.4 | ATP synthase F0 subunit B | B-субъединица АТФ-синтазы Fo |
| 3 | 124599..125141 | NP_951172.1 | F0F1 ATP synthase subunit delta | δ-субъединица АТФ-синтазы FoF1 |
| 4 | 125150..126661 | NP_951173.1 | F0F1 ATP synthase subunit alpha | α-субъединица АТФ-синтазы FoF1 |
| 5 | 126683..127546 | NP_951174.1 | F0F1 ATP synthase subunit gamma | γ-субъединица АТФ-синтазы FoF1 |
| 6 | 127604..129016 | NP_951175.1 | F0F1 ATP synthase subunit beta | β-субъединица АТФ-синтазы FoF1 |
| 7 | 129077..129493 | NP_951176.1 | F0F1 ATP synthase subunit epsilon | ε-субъединица АТФ-синтазы типа FoF1 |
| 8 | 121770..122543 | NP_951168.1 | chromosome partitioning ATPase Soj | Хромосомная перегородка АТФазы Soj |
| 9 | 122536..123375 | NP_951169.2 | ParB-like nuclease domain-containing protein | Белок типа ParB, содержащий домен нуклеазы |
| 10 | 129580..130599 | NP_951177.2 | 4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase | 4-гидрокситреонин-4-фосфатдегидрогеназа |
| 11 | 130596..131555 | NP_951178.2 | biosynthetic peptidoglycan transglycosylase | Биосинтетическая пептидогликановая трансгликозилаза |
Источники:
[1] Ueki T, Lovley DR., Heat-shock sigma factor RpoH from Geobacter sulfurreducens. Microbiology. 2007 Mar;153(Pt 3):838-46.
[2] MicrobeWiki: Geobacter sulfurreducens (http://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Geobacter_sulfurreducens)
Дата последнего изменения: 21.12.2013
