Первый семестр
Бактерия Geobacter sulfurreducens штамм PCAБелок липопротеиновая пептидаза (peptidase lipoprotein, M48 family) из генома бактерии G.sulfurreducens штамм PCA
Вирус Mamastrovirus 13
Второй семестр
Предполагаемая цинк-зависимая пептидаза бактерии G.sulfurreducens PCA
Связи в белке: гидрофобные взаимодействия, водородные связи, солевые мостики, дисульфидные мостики
Описание области контакта c лигандом Zn(II) в структуре белка предполагаемая Zn-зависимая пептидаза (идентификатор PDB 3C37)
Сравнение структуры проэнзима металлопептидазы 4JIU (Metallopeptidase Zymogene) из генома бактерии Pyrococcus Abyssi Abysilin со структурой белка 3C37
Работа в PubMed
Работа с базой данных UniProt и DOOR2
Использование поиска в Uniprot: правильная постановка запроса
Понятие о выравнивании. Построение выравниваний в Jalview
Предсказание парных выравниваний
BLAST
PSI-BLAST
Построение множественного выравнивания. Pfam
Мотивы, MEME & ProSite
Третий семестр
Химическое строение нуклеиновых кислот
A- и В- формы ДНК. Структура РНК
Комплексы ДНК-белок
Нуклеотидные банки данных
EMBOSS
Online BLAST
Standalone BLAST
Предсказание генов у прокариот
Предсказание генов у эукариот
Анализ качества и очистка чтений
Картирование на референсный геном
Однонуклеотидные полиморфизмы, индели и сборка
Четвёртый семестр
Что такое филогенетическое дерево
Укоренение и бутстрэп
Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательностям. Паралоги
Ферменты и метаболические пути. База данных KEGG
Геномное окружение. База данных STRING
Мембранные белки
Поиск сигналов. Теория
Поиск сигналов
Восстановление предкового состояния доменной архитектуры
Седьмой семестр
Построение электронной плотности в 3D модели
Реконструкция "одномерного белка" по данным РСА
Файл результатов РСА экспериментов
Восстановление кристалла белков по PDB файлу
Интерпретация ЯМР структуры
Расчет вторичной структуры
Совмещение структур. 3D поиск
Нахождение гидрофобных кластеров
Построение поверхности
Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam
Использование сервисов PDB
Отчёт по качеству РСА расшифровки структуры
Восьмой семестр
Работа в Pymol
Хемоинформатика
Полуэмпирические и Ab initio вычисления молекулярных систем
Вычисление параметров для молекулярной механики
Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS
Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом
Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка
Макромолекулярный докинг
Дата последнего изменения: 29.09.2014
