Описание белка липопротеиновая пептидаза (peptidase lipoprotein, M48 family) из генома бактерии Geobacter sulfurreducens штамм PCA
Информация о белке и его гене, полученная из записи NC_002939.5 базы данных RefSeq с полным геномом бактерии, приведена в таблице 1. На рис. 1 изображена окрестность гена описываемого белка.
Таблица 1. Информация о липопротеиновой пептидазе из генома Geobacter sulfurreducens штамм PCA (идентификатор NP_952488.1 в базе RefSeq)
| Вид информации | Квалификатор в записи генома | Значение |
| Локус гена в геноме | /locus_tag | GSU1427 |
| Имя гена | /gene | отсутствует |
| Идентификатор гена в базе данных NCBI Gene | /db_xref | GeneID:2686045 |
| Начало гена в геноме | - | 1575388 |
| Конец гена в геноме | - | 1576182 |
| На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) | - | прямая |
| Длина гена (в парах нуклеотидов) | - | 795 |
| Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein | /protein_id | NP_952488.1 |
| Длина белка (в аминокислотных остатках) | - | 264 |
Рисунок 1. Геномная окрестность гена белка липопротеиновая пептидаза из генома бактерии G.sulfurreducens штамм PCA. Ген отмечен черной рамочкой. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
Из рисунка следует, что соседние гены со-направлены с данным. Расстояния между геном и соседом с 5’-конца - 20 пар нуклеотидов, с 3’-конца – 2 пары нуклеотидов. Я думаю, что эти три гена могут быть в одном опероне, поскольку они со-направлены и гены NP_952487.1 и NP_952489.1 имеют одинаковую рамку считывания относительно гена NP_952488.1 – (+3). Не исключено, что в оперон входят ещё два гена с 5’-конца, потому что тоже со-направлены с данным геном (см. рис. 1).
Дата последнего изменения: 21.12.2013
