Гтдрофобные взаимодействия

       Помимо различных связей важным образователем вторичной структуры являются гидрофобные взаимодействия. Они заключаются в том, что гидрофобные части молекулы сворачиваются внутрь, а сверху остаются хвосты, не боящиеся контакта с водой. Такие гидрофобные-гидрофильные участки есть у каждого белка, в том числе и у моего. Его структуру, изменённую по принципам гидрофобности, можно посмотреть на рисунке 1.

Рисунок 1. Структура белка Zn-зависимой пептидазы, прокрашенная по гидрофобности.

       На рисунке явно заметно, что гидрофобная часть (выделено фиолетовым) составляет основную часть белка, в то время как гидрофильные участки (малиновые) являются редкими вкраплениями снаружи молекулы. Такая конфигурация позволяет сделать предположение, что данный белок погружён в мембрану клетки.