Предсказание генов у эукариот

       Задача этого практикума - для своего фрагмента определить экзон-интронную структуру гена и описать его альтернативный сплайсинг, используя программы GENSCAN и UCSC Genome Browser.

GENSCAN

       Предсказания интрон-экзонной структуры генов мы делали при помощи программы GENSKAN. На вход была подана нашу последовательность из генома человека, результат GENSCAN представлен в Таблице 1. GENSKAN выдал помимо целого гена, окончание другого, начиющегося в другом контиге. Его в таблицу я включать не стала.

Таблица 1. Результаты GENSKAN.

Genome Browser

       Теперь предскажем структуру гена другим способом - с помощью Genome Browser. Он позволяет просмотреть разнообразную информацию, относящуюся к заданному фрагменту ДНК и использует программу BLAT, аналогичную blast. Для получения результатов нужно было поместить последовательность ДНК в текстовое поле формы, выбрать поиск в геноме человека, сборка hg38 (Dec. 2013). Среди всех находок выбрала одну с наибольшим весом и идентичностью 100%, скрыла все параметры, кроме Blat Sequence.

       На рисунках 1, 2, 3, 4 и 5 можно заметить примеры альтернативного сплайсинга.

Рисунок 1. Альтернативные акцепторные сайты. Обведены синей рамкой. мРНК DB171675-DA549523.

Рисунок 2. Касcетные экзоны. Обведены красной рамкой. мРНК DC345279-DA426549.

Рисунок 3. Касcетные экзоны. Обведены красной рамкой. мРНК CB990429-EL733976.

Рисунок 4. Альтернативные донорные сайты. Обведены зеленой рамкой. мРНК DB294544-BF095133.

Рисунок 5. Альтернативные акцепторные сайты. Обведены синей рамкой. мРНК DC358270-DC420662.

BLASTX

       В это задании проводилась работа с фрагментом ДНК из генома киви Actinidia chinensis. Для него проводился поиск гомологов с помощью blastx с установленными параметрами: банк SwissProt, стандартный генетический код, исключены Models (XM/XP) и Uncultured/environmental sample sequences, исключён геном винограда Vitis vinifera, поиск ограничен белками Viridiplantae. В итоге было найдено 6 генов, которые можно увидеть на рисунке 6.

Рисунок 6. Результаты поиска blastX против базы SwissProt.

       В таблице 2 приведена информация об этих генах.

Таблица 2. Информация о предсказанных генах.