Ферменты и метаболические пути. База данных KEGG.

Для выполнения этого задания я выбрала биохимический путь Гликолиз/Глюконеогенез, а реакцию в нем под номером 2.7.1.147. На рисунке 1 изображена схема данного метаболического пути. Нужная реакция выделена голубым.

Рисунок 1. Схема метаболического пути. Голубым выделена реакция 2.7.1.147.

Данная реакция катализирует 2 метаболических пути: K08074 (54 белка в базе Uniprot) и K00918 (77 белков в базе Uniprot). По этим последовательностям было построено множественное выравнивание с помощью сервиса MUSCLE. Далее это выравнивание было рассмотрено в программе Jalview и окрашено с учетом природы аминокислотных остатков. В выравнивании присутствовали белки F4PK35, T1EZ89 и A8X3Z2 (относящихся к ряду K08074) и Q8PZL9, Q8PZM0 (относится к ряду K00918), имеющие длинные невыровненные участки, портящие выравнивание, поэтому они были удалены. Новое выравнивание доступно по этой ссылке.

Далее данное выравнивание было открыто в программе MEGA и по нему было построено филогенетическое дерево (методом Neighbor-Joining, со 100 бутстреп-репликами). Оно приведено на рисунке 2.

Рисунок 2. Филогенетическое дерево, построенное в программе MEGA.

На рисунке можно заметить, что дерево распадается на клады cогласно кластерам, причём без исключений.