Укоренение и бутстрэп

Укоренение в среднюю точку

Для выполнения заданий этого практикума был выбран белок шаперонин, присутствующий у всех выбранных мною бактерий. Программой MUSCLE было составлено выравнивание этих нуклеотидных последовательностей, по которому был получен графический рисунок филогенетического дерева при помощи алгоритма Neighbor-joining в программе Jalview).

Посредством укоренения полученного выравнивания программой retree пакета PHYLIP и последующим воспроизведением в MEGA, было получено следующее изображение.

Укоренение произошло в нетривиальную ветвь {LACLM,STRPN} против {LACDA, ENTRA, LISMO, BACAN, GEOKA}, и я считаю, что такое укоренение неправильное, так как Enterococcus faecalis, Lactobacillus delbrueckii, Streptococcus pneumoniae и Lactococcus lactis точно находятся в одной ветви, а в данном дереве они разделены.