Поиск сигналов

Последовательность Шайна-Дальгарно находится за несколько нуклеотидов до старт-кодона (на сайтах посадки рибосом мРНК прокариот). Для нахождения последовательностей в геноме бактерии Geobacter sulfurreducens PCA был скачан файл с геномом этой бактерии и хромосомная таблица. По таблице были определены координаты участков, которые могут содержать последовательности Шайна-Дальгарно, - 3710 штук, координаты [-35;0]. Файл с кооординатами этих участков был использован в команде seqret @coord.txt seq.fasta. Полученный файл - seq.fasta.

Для поиска мотива первых 1000 последовательностей использовалась онлайн-версия МЕМЕ. Результат работы в формате .html можно посмотреть по этой ссылке, в .txt - по этой, построенное лого изображено на рисунке 1.

Рисунок 1. Лого мотива, найденное при помощи программы MEME.

Далее файл из выдачи MEME вместе с файлом, содержащим все 3710 анализируемые последовательности, был подан на вход программе MAST. Результат работы в формате .html можно посмотреть здесь. Было найдено 169 последовательностей, содержащих достоверные совпадения с найденным мотивом. Номера этих последовательностей сохранены в файл, и с использованием этих номеров последовательности сохранены в отдельный файл.