Построение поверхности

Для комплекса димера пуринового репрессора с ДНК (PDB-код 1QP7, изображен на рисунке 1) с помощью средств PyMol были созданы изображения: а) поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера (рис.2); б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт (рис.3); в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали (рис.4).

Рисунок 1. Структура димера 1QP7.

Рисунок 2. Изображение поверхности контакта между мономерами белка. Контакт определялся расстоянием меньше или равном 5.0 ангстрем.

Рисунок 3. Изображение поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт.

Рисунок 1. Изображение поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.

С помощью сервиса CluD, были определены гидрофобные кластеры объёмом не менее 10 атомов на интерфейсе мономеров белка в том же комплексе, на рисунке 5 показаны гидрофобные участки на границе между мономерами белка.

Рисунок 1. Структура димера 1QP7.