Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam
Для выполнения данного задания был выбран белок предполагаемая эндо-1,4-бета-глюконаза YSDC_BACSU (PDB ID - 1VHE).
Рисунок 1. Структура белка 1VHE.
Pfam определил всего один домен: Peptidase_M42.
Рисунок 2. Доменная структура 1VHE согласна Pfam.
Помимо Pfam есть ещё несколько сервисом, определняющих доменную структуру белка. Информация, полученная из этих сервисов, представлена на таблице 1.
Таблица 1. Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam.
| БД | Домен | Границы | |
|---|---|---|---|
| Pfam | Peptidase_M42 | A: 48-342 | |
| SCOP | d1vhea1 | A:73-162 | |
| d1vhea2 | A:3-72,A:163-361 | ||
| d1vhea3 | A:362-367 | ||
| ECOD | e1vheA2 | A:3-72,A:163-367 | |
| e1vheA1 | A:73-162 | ||
| CATH | 1vheA01 | A: 3-74,165-367 | |
| 1vheA02 | B:2-324 |
Как видно из таблицы, почти все сервисы определяют 2 домена, кроме Pfam. Возможно, это связано с тем, потому что Pfam выделил общий домен для всех пептидаз, а остальные сервисы делят еще и по структуре. Сервис SCOP выделил даже 3 домена, но в комментариях к домену d1vhea3 указано, что это может быть просто артефакт. Также странно, что сервис CATH выделил второй домен в цепи B, когда у данного белка только одна цепь A.
Дата последнего изменения: 25.12.2016
