Использование сервисов PDB

Для поиска структур с конкретными параметрами на PDB существует Advanced search. Для того, чтобы продемотрировать, как он работает, были выбраны следующие параметры: Experimental methods->Electron Microscopy (1311 записи в PDB) и Chain Length->Between 1000 and 3000 (2464 записи в PDB). По такому запросу было найдено 341 запись PDB (структур), но 512 отдельных цепей. Затем был поставлен порог сходства не более 50%, в итоге структур осталось 295, а отдельных цепей - 446. Так как это все ещё большое количество записей, решено было добавить ещё один критерий - на организм. В итоге выбраны только те белки, которые встречаются у человека и относятся к классу гидролаз. Их оказалось 2 записи PDB о структуре и 2 индивидуальных цепи.

Итоговая строка поиска: Experimental Method is ELECTRON MICROSCOPY and Sequence Length is between 1000 and 3000 and Representative Structures at 50% Sequence Identity and Taxonomy is just Homo sapiens (human) and EnzymeClassification is 3: Hydrolases

Для полученных после составления запроса структур можно получить таблицу с информацией о них, причем столбцы с необходимой информацией можно выбрать самим с помощью Custom Report. Также можно скачать единый fasta-файл сразу со всеми последовательностями и их структуры в формате pdb.

Рисунок 1. Структуры белков, найденных по запросу.