Интерпретация ЯМР структуры

Для выполнения этого задания был выбран белок ганкирин (РСА, ЯМР - имеется 20 моделей). На рисунках 1 и 2 изображены РСА и ЯМР структуры соответственно. На рисунке 2 видно, что модели ЯМР хорошо друг с другом сочетаются, но заметны некоторые расхождения в изгибах. Структуры РСА и ЯМР похожи между собой.

Рисунок 1. РСА структура онкогенного белка человека ганкирина

Рисунок 2. ЯМР структура онкогенного белка человека ганкирина.

Для анализа водородных связей в РСА были выбраны следующие:1) остовная в альфа-спирали - LEU-125 и ILE-121; 2) водородную связь боковых цепей в ядре белка - ALA-148 и ARG-184; 3) водородная связь в петлях, выходящих на поверхность глобулы - ALA-72 и GLN-104. Условия: между донором протона и акцептором есть водородная связь, если расстояние между ними меньше 3,5 ангстрем. Условие на углы: воображаемый водород должен быть на линии донор-акцептор или отклоняться от этой линии не более чем на 70 градусов.

Рисунок 3. Остовная водородная связь в альфа-спирали.

Рисунок 4. Водородная связь в петлях, выходящих на поверхность глобулы.

Рисунок 5. Водородная связь боковых цепей в ядре белка.

Таблица 1. Данные о выбранных водородных связях различных типов.

После сравнения результатов поиска водородных связей в структурах РСА и ЯМР можно сделать следующие выводы: водородные связи, образующие альфа-спираль, сохраняются и при проведении ЯМР, что значит, что они очень прочные; остальные связи слишком вариабельны, поэтому не удивительно, что их либо нет, либо есть в малом количестве.