Определение вторичной структуры
Для выполнения задания был выбран белок 1VHE (pdb-файл). В pdb-файле уже содержится информация о вторичной структуре данного белка: 13 альфа-спиралей в цепи А, 8 бета-листов в цепи А, 8 бета-листов в цепи В, 7 бета-листов в цепи С и 3 бета-листа в цепи D. С помощью команды mkdssp на kodomo было проведено определение вторичной структуры, файл выдачи. Сравнение границ для двух альфа-спиралей и двух бета-листов представлено на таблице 1.
Таблица 1. Сравнение результатов DSSP и данных PDB-файла.
| Тип вторичной структуры | Границы в PDB | Границы в dssp |
|---|---|---|
| Спираль | 5-17 | 5-17 |
| Спираль | 272-287 | 272-287 |
| Лист | 41-44 | 41-44 |
| Лист | 261-266 | 261-266 |
Как видно из таблицы, для данных элементов вторичной структуры границы совпадают.
Дата последнего изменения: 25.12.2016
