Нахождение гидрофобных кластеров

Для работы выбрана структура 1VHE.Гидрофобные участки определялись при попмощи сервера Clud с изменением параметров Distance threshold и Cluster size threshold.

Таблица 1. Гидрофобные кластеры 1VHE.

	Distance threshold - 5.4	Distance threshold - 4.5
clusters not smaller 10
clusters not smaller 3

Заметно, что при ужесточении параметров на поиск кластеров, гидрофобная область молекулы становится более узкой, то есть больше сконцентрирована в центре, что логично, потому что белок находится в растворе.

Также был проведён поиск гидрофобных кластеров в димере белка 3Q8T (цепях A и B структуры с мотивом coiled coil) со значениями для порога расстояния и размера кластера – 4.5 и 3, соответственно. Гидрофобный кластер между двумя спиралями крайне необходим для контакта (представлен на рис. 1).

Рисунок 1. Гидрофобные кластеры в участках контакта спиралей в структуре 3Q8T