Задание 1. Определение целевого списка белков

Для работы я выбрала домен с идентификатором PF03066 (из прошлого практикума). Далее я задала следующий поисковый запрос в Uniprot:

database:(type:pfam id:PF03066) taxonomy:"Vertebrata [7742]" AND reviewed:yes

Нашлось 15 белков, из которых я построила выравнивание. Проект с выравниванием, а на рисунке 1 представлен фрагмент этого выравнивания.

Рисунок 1. Фрагмент полученного выравнивания

Задание 2. Построение и калибровка профиля для целевого семейства

Далее я создала HMM-профиль по полученному выравниванию при помощи команды:

hmm2build -g profile.out npmal.mfa

Полученный профиль был откалиброван:

hmm2calibrate profile.out

Готовый НММ-профиль

Задание 3. Получение результатов поиска по профилю на множестве последовательностей SwissProt

Поиск по профилю осуществлялся с помощью следующей команды:

hmm2search --domE 1000 --domT -50 profile.out /srv/databases/emboss/data/uniprot/uniprot_sprot.fasta > find.out

Для осуществления более расширенного поиска порог E-value убирался, а порог веса снижался до 50.

Была постороена гистограмма находок и их оценок (score).

Рис. 2. Гистограмма оценок.

Задание 4. ROC-кривая

В качестве порогового значения было выбрано 380,7. Excel-файл с вычислениями, файл с результатами поиска