← Назад к списку работ
Практикум №10: BLAST и поиск гомологов
1. Поиск гомологов аспартат-полуальдегиддегидрогеназы
Параметры BLAST: Database = swissprot, Expect threshold = 0.05, Word size = 5, Matrix = BLOSUM62, Gap Costs = 11/1.
Результаты:
Комментарий: Отобрано 7 белков с E-value от 3e-102 до 3e-96, представляющих разные таксоны бактерий. Все гомологичны (E-value < 1e-4). Выравнивание показало хорошее качество без протяжённых гэпов.
2. Поиск гомологов зрелого вирусного белка
Вирусный полипротеин: P0C6F8 (Bat coronavirus HKU3)
Выбранный зрелый белок: Non-structural protein 1 (координаты 1–180)
Параметры BLAST: Database = swissprot, фильтр по организмам не применялся.
Результаты:
Комментарий: Найдено 63 гомолога, все — полипротеины коронавирусов. E-value = 0.0 для первых 10 находок.
3. Сравнение E-value с фильтром по вирусам
BLAST с фильтром: Organism = Viruses (taxid:10239)
Сравнение E-value для находки P0C6F8.1:
- Без фильтра: 0.0
- С фильтром (только вирусы): 0.0
Вывод: E-value не изменилось, так как белок является вирус-специфичным. Доля вирусных белков в Swiss-Prot, оценённая по изменению E-value, крайне мала (белок не нашёл не-вирусных гомологов).
← Назад к списку работ