Описание пространственной структуры белка FHUA_ECOLI по данным банка PDB, код 1BY5

    Белок FHUA_ECOLI из двух белковых цепей — A и B, причём цепь A является основной в белке, а цепь B — аминокислотный лиганд, состоящий из трёх остатков глицина и трёх остатков аминокислоты с трёхбуквенным обозначением AHO, не являющейся канонической (именно эти остатки контактируют с ионом железа, участвуя в его переносе).
    Количество аминокислотных остатков в белке на 50 меньше расчитанного в результате секвенирования (697 вместо 747). Это означает, что в процессе образования третичной структуры, изображенной на рисунке часть аминокислот (предположительно, с N-конца) отрезается от молекулы.
    В белке 8 α-спиралей и 28 β-тяжей. Также структура содержит 8 лигандов OES и 143 молекулы воды.

На рисунке изображена пространственная модель белка, созданная с помощью RasMol. Белок FHUA показан жёлтым цветом, выделены его C-конец (красные шарики — кислороды концевого карбоксила) и N-конец (концевой атом азота — синий шарик). Ион железа показан оранжевым шариком, подписаны окружающий его лиганд Ferrichrome и низкомолекулярное серусодержащее соединение OES (8 штук). Молекулы воды, присутствующие в структуре, показаны маленькими голубыми точками.

define cont_fhua_ferrichrome 81a,87a,99a,100a,693a,313a,315a,246a,391a,244a,115a,116a
echo cont_fhua_ferrichrome is defined
define AA1 100a
echo AA1 is defined
define AA2 246a
echo AA2 is defined
echo OK!

Скрипт создан для определения аминокислотных остатков, контактирующих с лигандом; остатки AA1 и AA2, определеные в скрипте используются в описании генно-инженерного эксперимента.

На главную страницу первого семестра