Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

Из геномов ранее выбранных 8-ми бактерий были взяты последовательности 16S рРНК. Эти последовательности были выровнены с помощью программы Muscle. Далее методов Neighbour-joining с количеством бутстрэп-реплик 100 по полученному выравниванию было построено филогенетическое дерево (рис. 1).

При сравнении с исходным (правильным) филогенетическим деревом отобранных бактерий (рис. 2) видно, что появились новые неправильные нетривиальные ветви:

1) {CLOB1,LACAC} против {BACAN,STAES,GEOKA,LISMO,ENTFA,STRP1}

2) {COLOB1,LISMO,ENTFA,STRP1,LACAC} против {GEOKA,BACAN,STAES}

3) {CLOB1,ENTFA,LISMO,STRP1,GEOKA,LACAC} против {BACAN,STAES}

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Методом Neighbour-joining с количеством бутстрэп-реплик 100 было построено филогенетическое дерево по выравниванию белков из отобранных бактерий, гомологичных белку CLPX_BACSU (рис. 3).

Появление паралогов соответствует дупликации гена, а появление ортологов - разделению путей эволюции.