Поиск мотивов среди гомологов QUEC_BACSU

В таблице 1 представлены результаты поиска мотивов среди выборки гомологов белка.

Номер мотива	Число последовательностей	Длина	E-value	LOGO
MOTIF 1	21	35	8.6e-280
MOTIF 2	все	21	2.4e-212
MOTIF 3	все	18	1.3e-161

Таблица 1. Результаты поиска мотивов среди выборки гомологов QUEC_BACSU при помощи МЕМЕ.

Сравнение блоков МЕМЕ с выравниванием, выданным MUSCLE

Все три мотива при визуальном сравнении отлично совпадюет с соответствующими участками выравнивания гомологов целиком. Проект .jar с выравниваниями.

Поиск найденных мотивов в других последовательностях при помощи MAST

Ссылка на страницу с выводом программы: MAST.

Мотивы 1 и 2 нашлись во всех 33 последовательностях, а мотив 3 - только в 31 из 33. Т.о., в 31 последовательности нашлись все мотивы. В последовательностях, в которых мотивы были найдены, они соответствуют выравниванию.