E2QFI7.
Белок gspI относится к системе секреции типа II. Механизм работы этой системы состоит из двух стадий.
I стадия (Sec-система). Располагающийся в цитоплазматической мембране канал T2SS, состоит из АТФ-азы — sec A, сигнальной пептидазы и нескольких белков Sec D, Sec E, Sec F, Sec G, Sec Y. Цитоплазматический шаперон Sec В транспортирует секретируемый белок к этому каналу. Сигнальная пептидаза отщепляет сигнальную последовательность в секретируемом белке, Sec A расщепляет АТФ, благодаря чему белок поступает в периплазматическое пространство, где под действием некоторых шаперонов претерпевает конформационные перестройки, необходимые для транспорта через наружную мембрану.
II стадия: Транспорт через наружную мембрану требует взаимодействия 12-16 дополнительных белков: мономеры протеина D, или секретина, полимеризуются с образованием кольцевидного канала, который стабилизируется липопротеином S. Протеины G-K имеют N-концевые повторы, которые отщепляются протеином О или препилиновой пептидазой.
Описание функций белка в GO:
| ID в GO | Название | Тип записи | Описание |
| GO:0015627 | Белковая секреция системой типа II | Клеточный компонент | Большой протеиновый комплекс, содержащий 12-15 субъединиц, погруженный в мембрану и клеточную оболочку Грам-отрицательных бактерий и осуществляющий транспорт веществ во внеклеточную среду. Комплекс состоит из компонента, находящегося в цитоплазме, субкомплекса на внутренней мембране, достигающего эндоплазматического ретикулума и секреционную пору на внешней мембране. Протеины, принадлжеащие к секреционному типу II, транспортируются через цитоплазматическую мембрану комлексами Sec и Tax." |
| GO:0015628 | Белковая секреция системой типа II | Биологический процесс | Процесс, в котором протеины, доставленные к периплазме компексами Sec или Tat, секретируются через внешнюю мембрану Грам-отрицательных бактерий секреционнной системой типа II. |
| GO:0008565 | Транспорт белков | Молекулярная функция | Транспорт белков в, из и внутри клетки, или межклеточный. |
По информации со странички о белке в KEGG, в белке встречается мотив N_metil, PFAM указывает на частое объединение gspI и N_metil в архитектурах. N_metil
метилирует консервативный остаток фенилаланина. Возможно, gspI участвует в распозновании секретируемого субстрата, или его маркировании.
PFAM также говорит об ортологе gspI - gspH, следующее: gspH является минорным псевдопилином. Его функция пока что до конца не ясна, говорят о его причастности к функционированию пиля.
Роль белка в системе
Все гомологи, найденные pblast, принадлежали к системе секреции типа II. Из этого можно заключить, что это важный для функционирования системы белок.
Окрестность, SEED
В SEED Viewer был осуществлен поиск заданной последовательности с e-value=1 по геному Escherichia coli 042. Ссылка на найденный ортолог: seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=Annotation&feature=fig|216592.1.peg.3864. Установив Number of Regions=50, e-value=1e-10, я получил окрестность шириной 16 тыс. н.п., было найдено 17 гомологов.
На картинке выше видно, что окрестность нашего белка довольно консервативна. Он колокализован с другими участниками системы секреции, что говорит о важности функции гена. Было получено выравнивание последовательностей ортологов: fasta
Также была составлена такая таблица.xls. В ней проиллюстрирована встречаемость генов из окружения в геномах с нашим геном.