Программа МЕМЕ.

1) Найдено 3 мотива
2) а. Мотив1 найден для всех 10ти последовательностей. Его длина равна 50 аминокилотным остаткам.

Название последовательности	Координаты	P-value
IDH_COXBU	95-144	9.64e-58
IDH_SYNY3	85-134	2.00e-57
IDH_ANASP	85-134	3.17e-57
IDH_BACSU	76-125	9.34e-57
IDH_ECOLI	85-134	2.53e-56
IDH_STAAR	75-124	1.31e-54
IDH_STRMU	74-123	1.56e-52
IDH1_COLMA	85-134	5.48e-52
IDH_HELPY	95-144	4.84e-51
IDH_AQUAE	95-144	1.25e-46

Как видно из таблицы, в моей последовательности IDH_BACSU мотив нашелся в 76-125 а.о. P-value 9.34e-57. Относительная энтропия 171.8 бит.
б. Мотив 2 также длиной в 50 аминокислот и найден во всех последовательностях;
Относительная энтропия 168.5 бит;
Координаты в IDH_BACSU: 333-382;
P-value: 3.47e-53

в. Мотив 3 найден в 10ти последовательностях, длина - 50 а.о.; Относительная энтропия 165.2 бит;
Координаты в IDH_BACSU: 281-330;
P-value: 4.94e-56

Найденные программой MEME мотивы выделены рыжим (1), синим (3) и зеленым (2). mypro_al.msf
Второй мотив не выровнен программой muscle.
Программой MAST проведен поиск мотивов , найденных программой МЕМЕ, в последовательностях, из которых составлено выравнивание одного из доменов моего белка, взятое из Pfam.
Во всех 23 последовательностях нашелся какой-либо из мотивов. Но все три из имеющихся мотивов присутствуют только у 16ти последовательностей. 1ый мотив есть у 17 последовательностей, 2ой и 3ий - у 22. Выравнивание, взятое из Pfam сооттветствует выбранным мотивам.
MEME Suite очень наглядная система. На главной странице дана общая схема работы системы.
1. При вводе последовательностей выдается следующая таблица:

2. Переходим по ссылке (выбираем результаты в HTML). На странице показан каждый мотив и их сравнение. Каждый мотив проиллюстрирован, величина букв на картинке прямо пропорциональна консервативности а.о.
Полученные результаты можно посмотреть здесь .
Мотивы, полученные с помощью MEME Suite, наиболее биологически оправданы.