A- и В- формы ДНК. Структура РНК.

  1. С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены А-, В- и Z-форма дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей - повторенная последовательность GATC.
    A-форма:


    B-форма:


    Z-форма:


  2. ДНК в pdb-формате
    PНК в pdb-формате
  3. Проверка РНК и ДНК на наличие разрывов. В данных структурах разрывов нет:



  4. Я выбрала аденин в позиции 30 цепи В.
    -В сторону большой бороздки обращены атомы 02P 599, P 597, O5* 600, C2* 606.
    -В сторону малой бороздки обращены атомы O3* 605, O4* 603, C4* 602, C5* 601, O1P 598.
    -Все остальные атомы основания, входящие в нуклеотидное основание перпендикулярны направлению ДНК, составляющие остаток рибозы - параллельны.
    В А-форме фосфаты также направлены в сторону малой бороздки, общее положение атомов сохраняется. В Z-форме я выбрала гуанин. В Z-форме нет большой и малой бороздок, фосфодиэфирный остов располагается зигзагообразно вдоль оси молекулы. Минимальное расстояние между фосфорами в этой форме 7.20 Å.

  5.   A-форма B-форма *Z-форма
    Тип спирали (правая или левая) правая правая левая
    Шаг спирали (Å) 28.03Å 33.75Å 32.92Å
    Число оснований на виток 10 (полных, а так, почти 11) 10 12
    Ширина большой бороздки 16.49Å (G29B.P (575) - CC16A.P (310)) 17.21Å ((T31B.PP (618) - TT7A.P (126)) -
    Ширина малой бороздки 7.98Å (A6A.P (105) - G29B.P (575)) 11.49Å (T31B.P (618) - A14A.P (269)> 7.20Å ((G33B.P (657) - G11A.P (206))


  6.   α (P-O5') β (O5'-C5') γ (C5'-C4') δ (C4'-C3') ε (C3'-O3') ξ (O3'-P) χ (C1'-N)
    A-форма (презентация) 64.08 (-62) 174.80 (173) 41.67 (52) 79.14 (88 или 83) -147.78 (178) -40.70 (-50) -157.23 (-160)
    В-форма (презентация) 85.87 (-63) 136.33 (171) 31.16 (54) 143.34 (123 или 131) -140.78(155) 83.70 (-90) -98.03(-117)

  7. Торсионные углы РНК в формате Excel. Они схожи с углами в А-форме ДНК.
  8. Определение торсионных углов с помощью пакета 3DNA в формате *.xlsx
  9. Исследование вторичной структуры.
    С помощью программы find_pair пакета 3DNA можно определить возможные водородные связи между азотистыми основаниями (файл целиком можно посмотреть здесь ).
    Акцепторный стебель состоит из участка 902-907 и комплементарного ему участка 971-966.
    T-стебель состоит из участка 949-953 и комплементарного ему участка 965-961.
    D-стебель состоит из участка 937-944 и комплементарного ему участка 933-926.
    Антикодоновый стебель состоит из участка 910-912 и комплементарного ему участка 925-923.

    Неканонические пары:
    (0.005) B:.955_:[..U]Ux**+xG[..G]:.918_:B (0.009)
    (0.008) B:.944_:[..A]Ax*---A[..A]:.926_:B (0.015)
    (0.012) B:.913_:[..A]A-**+xG[..G]:.946_:B (0.008)
    (0.006) B:.914_:[..A]A-*--xA[..A]:.921_:B (0.008)
    (0.015) B:.915_:[..G]Gx**+xU[..U]:.948_:B (0.012)
    Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру:
    (0.029) B:.919_:[..G]G-----C[..C]:.956_:B (0.012)
  10. Стекинг-взаимодействия:
    (0.005) B:.951_:[..A]A-----U[..U]:.963_:B (0.004)
    (0.008) B:.950_:[..G]G-----C[..C]:.964_:B (0.004)


© Anastasia Maslova, 2010