Gene Ontology

  1. На странице браузера QuickGO EBI можно найти термины, описывающие функцию выданного белка (icd Bacillus subtilis P39126).

    Описание функции белка IDH_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

      Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
    (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
    Где?     К сожалению, данной информации нет.
    Зачем, для чего? Biological process 7 Окислительно-восстановительные процессы (метаболические процессы, результатом которых является перенос/присоединение 1 или более электронов от/к вещества/ву, сопровождающееся (или не-) переносом/присоединением протона/ов).
    Глиоксилатный цикл (модификация ЦТК, встречающийся у растений и микроорганизмов, в котором изоцитрат расщепляется на глиоксилат и сукцинат).
    Цикл трикарбоновых кислот (ЦТК; метаболический путь, в котором ацетильная группа ацетил-СоА окисляется до СО2 и 8 электронов переходят на коферменты.)
    Молекулярный механизм? Molecular function 10 Оксиредуктазная активность (катализ окислительно-восстановительных реакций).
    Изоцитрат-дегидрогеназная (NADP+) активность (катализирует реакцию: изоцитрат + NADP+ = 2-оксиглутарат + СО2 + NADPH + H+).
    Связывание ионов металлов, в т.ч. и Mg (Селективные нековалентные связи с ионом металла).
    Оксиредуктазная активность, в качестве донора используется CH-OH группа, в качестве акцептора - NAD или NADP. Связывание NAD (Селективное нековалентное взаимодействие, кофермент участвует в восстановительных и биосинтетических реакциях).
    Специфичность? - - -

  2. Поскольку информации о том, где встречается данный белок у GO нет, поэтому я взяла одни термин из процесса и 2 термина из механизмов:

    Описание терминов GO

    GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
    GO:0006097 (левый граф) глиоксилатный цикл; глиоксилатный шунт Связь is_a (inferred): small molecule metabolic process (GO:0044281), cellular ketone metabolic process (GO:0042180), organic acid metabolic process (GO:0006082), biological_process (GO:0008150), cellular process (GO:0009987), metabolic process (GO:0008152), oxoacid metabolic process (GO:0043436), carboxylic acid metabolic process (GO:0019752), primary metabolic process (GO:0044238), carbohydrate metabolic process (GO:0005975), cellular aldehyde metabolic process (GO:0006081), cellular metabolic process (GO:0044237), monocarboxylic acid metabolic process (GO:0032787).
    Связь is_a: cellular carbohydrate metabolic process (GO:0044262), glyoxylate metabolic process (GO:0046487)     		нет
    GO:0000287 (средний граф) Связывание магния Связь is_a (inferred): molecular_function (GO:0003674), binding (GO:0005488), ion binding (GO:0043167), cation binding (GO:0043169).
    Связь is_a: metal ion binding (GO:0046872).     		нет
    GO:0051287 (правый граф) Связыванием никотинамидадениндинуклеотида; связывание NAD или NADH, связывание NAD+ или NADH Связь is_a (inferred): molecular_function (GO:0003674), binding (GO:0005488), cofactor binding (GO:0048037). Связь is_a: coenzyme binding (GO:0050662), nucleotide binding (GO:0000166). Связь is_a: NAD+ binding (GO:0070403), NADH binding (GO:0070404).

  3. Определиние числа реальных и гипотетических белков пшеницы.
    Русское название: Пшеница;
    Латниское название: Triticum L.;
    Английское название: Wheat;
    Taxonomy ID: 4564;
    Ранг: genus;

    Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Triticum (по данным UniProt)

      Количество в UniProt Количество в UniRef100
    Существование белка доказано экспериментально 124  
    Известны только соответствующие транскрипты 120  
    Гипотетический белок, предсказан по гомологии 117  
    Иные предсказанные гипотетические белки 3  

  4. Описание протеома бактерии Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993, полный геном которой сквенирован (с использованием терминов GO).
    Число белков протеома: 2747;

    Excel
    Для 10,85% записей приписан хотя бы один термин GO;



    Несколько самых часто встречающихся терминов:
    -С: GO 0003735 (structural constituent of ribosome),
    -F: GO 0005737 (cytoplasm),
    -P: GO 0006412 (translation);
    Возможно, данные термины самые распространенные, т.к. они охватывают самые распространенные и жизненно необходимые процессы в клетке.
  5. Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией.
    Таксон: Пшеница (ID 4564);
    Функция: биосинтез липидов;
    Поиск среди всех терминов GO на сайте консорциума Gene Ontology привел к функции lipid biosynthetic process с GO:0008610.
      6. © Anastasia Maslova, 2011