Пакет Pftools.

    Для этого задания было взято то же выравнивание, что и для предыдущего задания.
  1. Для того, чтобы приготовить входной файл msf, использовалась команда noreturn:
    noreturn -infile pat_2.msf -system unix -outfile pat_unix.msf
     Таким образом получен UNIX-овый конец строки.
  2. Рассчет веса строк выравнивания программаой pfw.
    pfw pat_unix.msf
    pat_unix.msf
    Значения весов изменились (в исходном файле они были равны 1.00)
  3. Создание профиля програмой pfmake.
    pfmake pat_pfw.msf /usr/share/pftools23/blosum62.cmp
    результат
  4. Подготовка файла с последовательностями в fasta-формате, в которых будет проводиться поиск.
    seqret sw-org:bacteria bacteria.fasta
  5. Поиск по профилю.
    pfsearch -C4.0 -f pfmake.txt bacteria.fasta > my4.pfsearch
    Первые раза находок было слишком много, поэтому порог выбран 4.0.
  6. Анализ результатов.
    Найдена 765 последовательность
    Вес >4: 765
    Вес >5: 749
    Вес >6: 651
    Вес >7: 407
    Вес >8: 166
    Вес >9: 61 (max 9,3)
    Excel
    Число верных находок ("True positive hits", TP) 208
    Число ложных находок ("False positive hits", FP) 553
    Число ненайденных белков подсемейства ("False negatives", FN) 6
    Чувствительность TP/(TP+FN) 0.9719 (лучше по сравнению с паттерном)
    Селективность TP/(TP+FP) 0.2733
    ROC-кривая:



    В прошлом задании чувствительность была равна 0,8174 (при пороге 50), селективность 0,3456.
    В этот раз селективность (при той же чувствительности 0,8714) стала выше - 0.6967. Получается, что данный профиль лучше.
      7. © Anastasia Maslova, 2011