Параметры
| Database |
UniprotKB/Swiss-Prot |
| BLAST algorithm |
blastp |
| Длина слов |
6 |
| Число выдаваемых результатов |
100 |
Гомологи зрелого вирусного белка
Выбор пал на цепь вируса Sindbis virus (SINV) (AC: P03317; Q87644; ID: POLN_SINDV ).. Зрелый белок - Protease nsP2 и его (последовательность. Загружаем ее в бласт.
Выдача бласт тут
Выравниваем 6 выбранных белков + наш исходный.
По (результатам) выравнивания можно увидеть консервативные участки, которых довольно немного. Но их больше у 6 белков без исходного, чем с ним. Отсюда, можно сказать, что эти 6 белков гомологичны более, чем эти же 6 включая исходный.
Исследование зависимости E-value от объема банка
В сравнении с прошлым поиском был добавлен фильтр по вирусам.
Исследовался полипротеин AC:Q66220.2. Его значение Е-value равняется 2e-12, Е-value же при поиске
без фильтра равняется 5e-11. Согласно теореме Карлина, E-value = K * m * n * e^(-λ * S), В таком случае, для белков Swiss-Prot
E-value(вируса) / E-value(общ)=2e-12/5e-11=0,04. Отсюда делаем вывод, что на вирусные белки приходится совсем небольшой процент.