C помощью программы fiber пакета 3DNA были построены модели структур A-, B- и Z-формы ДНК. Файлы:
А-форма ДНК: gatc-a.pdb
B-формa ДНК: gatc-b.pdb
Z-форма ДНК: gatc-z.pdb
Мною была выбрана А-форма ДНК и аденин. После чего опредилил атомы, направленные в стороны малой и большой бороздок (рисунок 1). В MarvinSketch изобразил аденин, красным цветом отмечены атомы, обращенные в сторону большей бороздки, синим - в сторону малой
В сторону большой бороздки обращены атомы DA2: C2, N3, C4, N9, C8.
В сторону малой бороздки обращены атомы DA2: N7, C5, C6, N6, N1.
А-форма | В-форма | Z-форма | |
Тип спирали | правая | правая | левая |
Шаг спирали (Å) | 30,89 | 33,79 | 43,60 |
Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
Ширина большой бороздки (Å) | 15.76 ([DT]7:B.P #403 - [DG]11:A.P #197) | 17.53 ([DG]4:A.P #58 - [DA]18:B.P #345 | 18.3 ([DC]14:B.P #269 - [DC]4:A.P #64) |
Ширина малой бороздки (Å) | 11.04 ([DC]4:A.P #55 - [DG]5:B.P #359) | 9.99 ([DC]21:B.P #406 - [DT]8:A.P #142) | 7.2 ([DG]15:B.P #288 - [DG]9:A.P #165) |
Эксперементальная Z ДНК короткая,провести измерения не получилось, данные приведены ранее сгенерированнной цепочки.
Водородные связи: Ссылка
Стебли: (501-507,572-566), (549-553, 565-561), (538-544, 532-526), (510-513, 525-522)
Неканонические пары оснований: G502-U571, U554-A558, U555-G518, A538-C532, A544-G526, U513-G522, U508-A546, A514-A521, G515-C548.
Дополнительные водородные связи: U554-A558, U555-G518, U508-A546, A514-A521, G515-C548, G519-C556.