Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1

C помощью программы fiber пакета 3DNA были построены модели структур A-, B- и Z-формы ДНК. Файлы:

А-форма ДНК: gatc-a.pdb

B-формa ДНК: gatc-b.pdb

Z-форма ДНК: gatc-z.pdb

Задание 2

Мною была выбрана А-форма ДНК и аденин. После чего опредилил атомы, направленные в стороны малой и большой бороздок (рисунок 1). В MarvinSketch изобразил аденин, красным цветом отмечены атомы, обращенные в сторону большей бороздки, синим - в сторону малой

TheCreator.png
picture 1

В сторону большой бороздки обращены атомы DA2: C2, N3, C4, N9, C8.

В сторону малой бороздки обращены атомы DA2: N7, C5, C6, N6, N1.

TheCreator.png
picture 2
Таблица 1
А-форма В-форма Z-форма
Тип спирали правая правая левая
Шаг спирали (Å) 30,89 33,79 43,60
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки (Å) 15.76 ([DT]7:B.P #403 - [DG]11:A.P #197) 17.53 ([DG]4:A.P #58 - [DA]18:B.P #345 18.3 ([DC]14:B.P #269 - [DC]4:A.P #64)
Ширина малой бороздки (Å) 11.04 ([DC]4:A.P #55 - [DG]5:B.P #359) 9.99 ([DC]21:B.P #406 - [DT]8:A.P #142) 7.2 ([DG]15:B.P #288 - [DG]9:A.P #165)

Эксперементальная Z ДНК короткая,провести измерения не получилось, данные приведены ранее сгенерированнной цепочки.

Задание 3

Упражнение 2

Водородные связи: Ссылка