Пробные выравнивания
1.Данный мне фрагмент соответствует позициям 153-175 в полной последовательности белка AHPF_Ecoli.*
2.Я сопоставила две последовательности длины 23 а.о., получив выравнивание длины 25 с весом, равным 10(1 гэп),
и их процент идентичности составил 48%.
12-2=10, где 12 - число совпавших букв, и 2 - штраф за 1 гэп.
12/25=48%
3.Первая близкородственная замена - это глутамин(Q)-аргинин(R) в положении 8. Обратимся к таблице BLOSUM62.
(Число 62 в названии матрицы обозначает минимальный процент идентичности последовательностей, для подсчёта веса выравниваний которых могут быть использованы данные матрицы.
Чем меньше номер, тем менее родственные последовательности можно сопоставлять.)
Вес замены равен 1.
Оба эти а.о. имеют полярные боковые группы с основными свойствами, но аргинин содержит гуанидиевую группу, что позволяет ему образовывать больше водородных связей. Поэтому вес замены относительно мал.
А например, вес замены валин(V)-изолейцин(I) в том же выравнивании равен 3 (для сравнения, максимальный вес для совпадений V-V и I-I, указанный на диагонали матрицы, равен 4). Валин и изолецин - алифатические а.к. с нейтральными и неполярными гомологичными радикалами.
Дополнительные задания
1.Процент сходства последовательностей составляет (12+2-2)/25=48% (12 совпавших букв, 2 родственных замены и 1 гэп).
2.Альтернативный вариант: к сожалению, увеличить вес не получилось, но я нашла ещё две вероятные близкородственные замены - T-S и D-E, однако получила лишний гэп.
3.Скачать таблицу и список весов замен.
Формула, использованная для построения списка
=СЦЕПИТЬ($B1;"-";$C1;" вес=";ВПР($B1;table!$A$1:$V$22;ПОИСКПОЗ($C1;table!$A$1:$V$1;0); ЛОЖЬ))
