На страницу 2-го семестра
В 2-х созданных файлах содержатся выравнивания белка DKGA_ECOLI.
Файл first_aln.txt - это выравнивание моего белка (первые 60 остатков) с его
искусственно полученным гомологом, сделанное просто вручную. В результате
этого выравнивания я посчитала его "вес" по формуле: количество совпавших букв
-количество несовпавших-количество гэпов. Это значение равно 20, вычисления
здесь. Большим вес сделать нельзя, так как в искусственной последовательности делеций нет.
Файл second_aln.msf содержит выравнивание DKGA_ECOLI с его гомологом из
Yersinia pestis с абсолютно тем же названием (а значит, той же функцией) -
2,5-diketo-D-gluconic acid reductase A. Это выравнивание сделано с
помощью программы GeneDoc. Так что совпадений в аминокислотной
последовательности очень много.
