Анализ гомологов белков
Поиск гомологов белка DNA-directed RNA polymerase subunit beta
Исходные данные
Мой белок - DNA-directed RNA polymerase subunit beta, его AC: B1LNU0. Далее перешла на сайт NCBI -> Protein Blast.
Параметры BLAST
| Параметр | Значение |
|---|---|
| Enter query sequence | B1LNU0 |
| Database | Standard databases (nr etc.): UniProtKB/Swiss-Prot(swissprot) |
| Organism | - |
| Algorithm | blastp (protein-protein BLAST) |
| Max target sequences | 100 |
| Expect threshold | 0.05 |
| Matrix | BLOSUM62 |
| Gap Costs | Existence: 11 Extension: 1 |
| Compositional adjustments | Conditional compositional score matrix adjustment |
| Filter | - |
| Mask | - |
Текстовая выдача результатов поиска
Результаты поиска и выравнивание
В выдаче было 100 последовательностей. Из них я отобрала 5 находок с AC и с помощью JalView -> Alignment -> Mafft with Defaults построила выравнивание.
- B1LNU0 (исходный белок)
- A9N0J5
- P41185
- Q87KQ5
- A8GYX0
- Q3K5Y2
Файл множественного выравнивания
Анализ результатов
Белки имеют много схожих и идентичных участков. Наиболее длинные идентичные участки:
- Отрезок 60-92
- Отрезок 241-283
- Отрезок 304-359
- Отрезок 423-481
Вывод: Схожесть белков очень высока, значит они гомологичны.
Гомологи зрелого вирусного белка, вырезанного из полипротеина
Исходные данные
Выбранный белок:
ID: POLN_EEEV8
AC: Q306W8
OS: Eastern equine encephalitis virus
В поле CHAIN я выбрала белок Protease nsP2, его координаты - 534-1327.
Файл с вырезанной последовательностью
Параметры BLAST
| Параметр | Значение |
|---|---|
| Enter query sequence | Последовательность FASTA вырезанного белка |
| Database | Standard databases (nr etc.): UniProtKB/Swiss-Prot(swissprot) |
| Organism | - |
| Algorithm | blastp (protein-protein BLAST) |
| Max target sequences | 100 |
| Expect threshold | 0.05 |
| Matrix | BLOSUM62 |
| Gap Costs | Existence: 11 Extension: 1 |
| Compositional adjustments | Conditional compositional score matrix adjustment |
| Filter | - |
| Mask | - |
Текстовая выдача результатов поиска
Результаты поиска и выравнивание
В выдаче было 30 последовательностей. В этот раз из них я выбрала следующие находки и построила выравнивание, вырезав участок, относящийся к зрелому белку:
- Q306W8 (исходный белок)
- Q84133
- P89659
- P18339
- Q88920
- Q66220
Файл множественного выравнивания
Анализ результатов
Белками, сильно выбивающимися из выравнивания стали TM1R_SOLLC и CLH1_HUMAN: их последовательности в выравнивании имели очень мало совпадений. Достоверные участки оставшихся последовательностей:
- 103-136
- 192-210
- 620-674
- 1345-1482
- 1489-1621
Вывод: Белки гомологичны.
Анализ E-value
После этого в параметрах для запуска в пункте Organism был введен параметр Viruses(taxid:10239); остальные параметры остались такими же, что и в прошлом запросе. Выдача программы увеличилась до 31 последовательности.
Текстовая выдача результатов поиска
E-value находок изменился. Например, для находки Q84133.2:
- До фильтрации: E-value = 3×10-13
- После фильтрации: E-value = 1×10-14
E-value вычисляется по формуле: E = Kmn·e-λS
Для определения доли вирусных белков в Swiss-prot:
Отношение E-value после фильтрации к E-value до фильтрации: 1×10-14 / 3×10-13 = 0,03 или 3%.