Кристалл, группа симметрий, структурные факторы (Pymol и PDB записи)

1. Карта электронной плотности вокруг 3-х остатков белка 1KQP и примеры, когда остаток хорошо и плохо вписан в электронные плотности.

Хорошо вписанный остаток в ЭП - Trp103	Плохо вписанный остаток в ЭП - Thr83

Уровень электронной плотности - 2.

2. Группа симметрии и форма кристаллографической ячейки.

Данные получены из pdb файла из строки:

CRYST1 52.280 84.790 59.640 90.00 110.50 90.00 P 1 21 1 4

Кристаллографическая группа и тип симметрии - P 1 21 1

Длины базисных периодов кристаллической решётки (векторы a, b, c) - 52.280 84.790 59.640

Углы между сторонами параллелепипеда - 90.00 110.50 90.00

Количество полипептидных цепей в ячейке - 4.

3. Изображение окружения белковой молекулы соседями по кристаллической решетке.

Исходный белок контактирует с 12 белковыми молекулами (критерий контакта - расстояние менее 5 ангстрем).

4. Файл структурных факторов.

Файл структурных факторов, скачанный с PDB.

Количество структурных факторов, полученных в ходе эксперимента, - 216278.
Максимальная амплитуда рефлекса (из столбца _refln.intensity_meas) - 9319,92.
Минимальная измеренная амплитуда рефлекса (из столбца _refln.intensity_meas)- -14,85.

5*. Симметрия кристаллической решетки.

То же самое, но несколько слоев срезаны для наглядности.

6*. Примеры pdb файлов с некристаллографической симметрией.

a) ECHOVIRUS 1 (PDB).

b) The mitotic kinesin Eg5 in complex with Mg-ADP and ispinesib (PDB).
Кинезин Eg5 человека ответственнен за формирование биполярного веретена деления во время митоза. Ингибирование Eg5 вызывает митотической арест, что в конечном счете приводит к апоптозу.

с) Human Carbonic Anhydrase II (PDB).