1. Информации о КОГе

Для выполнения данного практикума выбран белок из первого семестра - щелочная фосфатаза (AKC29168.1). Отчёт доступен по ссылке.

— Идентификатор КОГа: COG1524.

— Величина e-value: 1.04e-14.

— КОГ обнаруживается с 1 по 525 остаток, при длине белка 537 а.о.

— Название КОГа (en): Predicted pyrophosphatase or phosphodiesterase, AlkP superfamily.

— Название КОГа (rus): Предсказанная пирофосфатаза или фосфодиэстераза, AlkP суперсемейство.

— Функциональная категория КОГа (en): General function prediction only.

— Функциональная категория КОГа (rus): Только предсказанная общая функция.

2. Визуализация геномного окружения

Получим изображение геномного окружения для обнаруженного КОГа с помощью COGNAT. Геномное окружение не является консервативным в общем случае, но у некоторого количества организмов обнаружена некая консервативность в расположении определённых КОГов (Рисунок 1 и 2). Возможно это расположение является случайным, потому что для данного КОГа установлен маленький уровень Occurrence Threshold, составляющий всего 6% (значение этого параметра по умолчанию составляет 20%).

Рисунок 1. Геномное окружение кога COG1524, полученное с помощью программы COGNAT. Программа была запущена со следующими параметрами: Neighbourhood Size = 9; Occurrence Threshold (%) = 6%; Taxonomy: No. Стрелками обозначены коги, в частности рассматриваемый COG1524 покрашен голубым цветом, а составляющий его окружение СOG1082 покрашен синим цветом.

Рисунок 2. Геномное окружение кога COG1524, полученное с помощью программы COGNAT. Программа была запущена со следующими параметрами: Neighbourhood Size = 9; Occurrence Threshold (%) = 6%; Taxonomy: No. Стрелками обозначены коги, в частности рассматриваемый COG1524 покрашен голубым цветом, а составляющий его окружение СOG3842 покрашен коричневым цветом.

3. Отнесение белка щелочная фосфатаза из Flavobacterium psychrophilum к терминам GO

С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST с параментрами по умолчанию найден наиболее похожий на мой белок - предполагаемая щелочная фосфатаза из организма Colwellia psychrerythraea 34H. P-value лучшей находки составил 1.0e-77. Белок, найденный в БД GO, из другого организма, и является предполагаемой щелочной фосфатазой. Процент идентичности (Identities) составил 33% (180/541), а процент сходства (Positives) - 52% (285/541). Сходство довольно неплохое, но отличий между белками достаточно много.

Далее перейдём на страницу белка-находки (view associations) и заполним Таблицу 1. Описание кодов достоверности можно посмотреть в Таблице 2. Возможно, небольшое количество терминов GO (всего один!), связано с тем, что найденный белок с UniProt AC: Q47ZT8 является предполагаемой щелочной фосфатазой и находится в базе данных TrEMBL (проаннотирован автоматически).

**Таблица 1.** Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q47ZT8 (Q47ZT8_COLP3).
Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
molecular function (молекулярная функция)	GO:0004035	alkaline phosphatase activity	активность щелочной фосфатазы	ISA

**Таблица 2.** Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
ISA	Inferred from Sequence Alignment	Данный код является частью ISS (Inferred from Sequence or structural Similarity) и используется в случае, когда проверяющий данные специалист уверен в том, что информация о белке была опубликована в статье или в иной форме научной публикации, то есть, данные были проверены вручную. Заключение делается на основе парного или множественного выравнивания.