1. Гомологичность белков
Для выполнения практикума я взяла белок пилин (ANW70673.1) [1] организма Neisseria meningitidis [2] . Дальше я провела поиск в BLAST, после чего выбрала 9 последовательностей (не считая изначальной) с достаточным E-value. Первый сеанс поиска (длина слова - 6 букв, база данных - SwissProt) -выдал всего 7 находок. Второй сеанс (длина слова - 3 буквы, база данных - SwissProt) - уже большее количество, но большинство из них были с очень низким E-value и идентичностью, названия абсолютно не соответствовали названию изначальной последовательности. Я решила остановиться на следующих параметрах поиска: длина слова - 6 букв, база данных - RefSeq (первые две последовательности с высоким E-value я нашла в другом таксоне: Neisseria относится к b-proteobacteria, а поиск проводился по a-proteobacteria. первые 13 результатов - последовательности с очень высокой идентичностью и одинаковым названием (все принадлежат Neisseria meningitidis). Есть подозрение,что это могут быть разные аннотации одого и того же белка, или очень схожие белки разных штаммов одного таксона, поэтому я не включила их в выборку. А вот эти включила:

Таблица 1. Основные данные о последовательностях (BLAST)

ID	Name	Coverage (%)	Identity (%)	E-value	Homology(+/-)
WP_060846362.1	peptide chain release factor-like protein (Methylobacterium aquaticum)	61%	28%	0.19	-
WP_051312207.1	hypothetical protein (Pseudodonghicola xiamenensis)	33%	44%	9,9	-
WP_002258782.1	pilin family protein	93%	97%	3e-56	+
WP_061734064.1	pilus assembly protein PilS	98%	82%	6e-52	+
WP_061818162.1	pilin	97%	77%	7e-48	+
WP_002225897.1	fimbrial protein MS11-D1 precursor	98%	77%	6e-47	+
WP_025460956.1	prepilin-type cleavage/methylation domain-containing protein	94%	75%	4e-46	+
WP_079758344.1	fimbrial protein P9-2 precursor	98%	75%	4e-45	+
WP_082299213.1	fimbrial protein (Neisseria gonorrhoeae)	95%	76%	1e-44	-

Для установления гомологии я провела множественное выравнивание беков:
Из выравнивания можно сделать вывод о том, что чётко выделяются пять последовательностей, гомологичных исходной, на что указывает блок. Блок нашёлся всего один, но он имеет довольно чёткие границы, в отличие от остальных "претендентов на блок". Последовательности в таблице стоят не в том же порядке, что последовательности в выравнивании, гомологичные отмечены "+" в соответствующей графе таблицы.
Проект выравнивания

2. Перестройки, карты локального сходства
Я выбрала две домаенные архитектуры из семейства LIM с помощью ресурса Pfam . Две доменные архитектуры, которые я сравнивала это:
1.PET and Zinc finger domain containing protein, {ECO:0000313|EMBL:CDJ85745.1}, 470 ак остатков.

2.LIM domain-containing protein jub, {ECO:0000313|EMBL:KRY15501.1}б 849 ак остатков.

E-value = 4e-19
Карта локального сходства выглядит так:

Интерпритация карты:
Скорее всего, карта была построена не по всей длине последовательностей, а по находкам, предположительно по чёрной границе:

На карте локального сходства оранжевым обозначены находки BLAST, а голубым - то, что по логике вещей должно находиться. Таким образом, домен LIM, состоящий примерно из 60 аминокислотных остатков и обозначенный на карте как "А", шесть раз встречается в первой доменной архитектуре, три раза - во второй. Это вполне соответствует картинке доменной архитектуры. Было бы логично предположить, что эволюционное событие, которое иллюстрирует эта карта - это дупликация комплекса из 3х доменов LIM.
Источники:
1. Краткая информация о белке
2. Краткая информация о прокариоте
3. Презентация про BLAST