Геномные браузеры

1. UCSC

Я выбрала белок пепсин (ссылка на UCSC белка)

1.1) короткое имя гена: PGA3

1.2) полное имя гена: Homo sapiens pepsinogen 3, group I (pepsinogen A) (PGA3), mRNA

PGA3 (ENST00000325558.10) at chr11:61203380-61213098

2) на какой цепи он закодирован: цепь прямая

3) в какой хромосоме находится: хромосома 11

4) к каким плечу и полосе принадлежит участок: chr11:q12.2

5) координаты гена в последовательности хромосомы: 61203380-61213098

6) альтернативных продуктов закодировано в гене: 3

7) для каждого продукта укажите число экзонов и длину аминокислотной последовательности (aa=amino acids):
a. 9 экзонов и 388 aa
b. 4 экзонов и 234 aa
c. 3 экзонов и 128 aa

8) сохраните картинку окрестности гена из Genome Browser c треками:

8.1) гены GENCODE и RefSeq
8.2) консервативность последовательности среди позвоночных (Conservation)
8.3) частые полиморфизмы (Common SNPs) последней версии (151)

2. Ensembl

Постройте выравнивание выбранного гена человека с гомологичным геном шимпанзе и определите число различий. Сравните его с числом часто встречающихся полиморфизмов (различий в геномах разных людей) в этом же гене.

Выравнивание в формате fasta

команда: distmat alignment_Pan_troglodytes_11_61053404_61065863.fa output.txt -auto

результат выполнения команды:
определение числа различий

Количество SNP - 1277

Variation table в формате csv