Восстановление предковой последовательности.

Цель задания — восстановить предковую последовательность и сравнить с реальной.

Предковая последовательность была восстановлена с помощью прогаммы dnaml (параметр 5).
далее можно рассмотреть выравнивание реальной и восстановленной последовательности:

 Length: 522
 Identity:     325/522 (62.3%)
 Similarity:   356/522 (68.2%)
 Gaps:          24/522 ( 4.6%)
 Score: 962.0
 



g1                 1 atgtcagttttgcaagtgttacatattccggacgagcggcttcgcaaagt     50
                     .||.||||.||.||::.||...||..||:|.|||:||...||.|||.|||
dNaml              1 gtgaCaGtatttcArkGGtaggaTgrtcmgaACgrgCTTattggcAyaGT     50

g1                51 tgctaaaccggtagaagaagtgaatgcagaaattcagcgtatcgtcgatg    100
                     |..||||.|:||||...|.||||.|.|.|.|.||.|||.|||||||.:|.
dNaml             51 tarTaaaAckgTaGtccaCgTgattactGtAgttraGcataTcgtCmrtC    100

g1               101 atatg-ttcgagacg------atgtacgcagaagaaggtattggcctggc    143
                     || || ||.|..|||      |:|.||.:.||      |||.|.|||.||
dNaml            101 At-tgattAgttaCggacaTaayggActyyGa------tAtagccctcgc    143

g1               144 ggcaacccaggttgatatccatcaacgtatcattgttattgatgtttcgg    193
                     .|||.||.||||||..|||.|.||||||||...||.||||.|||.||||.
dNaml            144 AGCacCcaaGgttgcGAtCaaaCaacgtAtagcTgGTattyAtgrtTCGt    193

g1               194 aaaaccgtgacgaacggctagtgttaatcaatccagagctt-ttagaaaa    242
                     |.|..||:.|||||||||||..||.:|||.||||.|| ||| .|||||.|
dNaml            194 ACagaCgyaacgaacggcTayGGTawAtcyatcccga-cttcCtAgaAcA    242

g1               243 aagcggcgaaacaggcattgaagaaggttgcctgtcgatccctgaaca--    290
                     .|.|..|.||..|..|||||.|||.|.|.|.|||.:|.|||.||||.|  
dNaml            243 gAtctCcaaataatacattgtagAygctAGgctGgyGgtccrtgaatarc    292

g1               291 acgtgctttagtgccgcgcgcagagaaagttaaaattcgcgcccttgacc    340
                     ||||:  ||||.||||.||||..:...||:|:..||.||.||||.|.||.
dNaml            293 acGtr--ttAgGGccggGCgcTartygAGytwygatccgTGcCCrtaAct    340

g1               341 gcgacggtaaaccatttgaactggaagcag-acggtctgttagccatctg    389
                     ||:||.|.||||.|:.|| |||.:..:|.| |||||:|:||...||||||
dNaml            341 gcsacygGAAacgayGTg-actTrctrcygtAcGgtytsTttAtcatcTG    389

g1               390 tattcagcatgagatggatcacctg-gtcggcaaactgtttatggattat    438
                     ..:|:|:||.|||..|.||||.||| .|||| ||||.|:|.|||.|||:.
dNaml            390 ccytyasCAaGaGtAgyAtCAactgcttcGG-aAacagytgAtgtATTrA    438

g1               439 ctgtcaccgctgaaacaacaacgtattcgtcagaaagttgaaaaactgga    488
                     |||.||:.|||||.||.||..|.:.|||.|||||.||||..|:|||||||
dNaml            439 CtgacastGctGagaCsAcCgCtycttCytcagAtagTtatAmaactGga    488

g1               489 tcgtctgaaagcccgggcttaa    510
                     ..|.::..|||..|||..||||
dNaml            489 atggyycTaagatcGgyttTAa    510