На главную страницу четвертого семестра

Функции. Отнологии.


Цель работы исследовать качество аннотации функции у конкретной группы белков из организма Mus musculus.

Исследование качества аннотации функции у белков Mus musculus, входящих в состав цитоплазмы


Протеом Mus musculus
Результаты поиска в UniProt, 18 мая 2006


Количество белков Запрос
Всего 61634 Query "(([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) " found 61634 entries
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO 14952 Query "((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) & ((([uniprot-DBxref:C:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) " found 14952 entries
В том числе локализованных в цитоплазме 1370 Query "((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) & ((([uniprot-DBxref:C:cytoplasm*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) " found 1370 entries
В том числе локализованных в цитоплазме только с самыми хорошими доказательствами функции (код IDA/TAS) 124 Query "((((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) & ((([uniprot-DBxref:C:cytoplasm*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) & [uniprot-DBxref_:GO*]) & (((((((((((([uniprot-DBxref_:TAS.*] | [uniprot-DBxref_:IDA.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA.*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.*]) ! [uniprot-DBxref_:IC.*]) ! [uniprot-DBxref_:ND.*]) ! [uniprot-DBxref_:NR.*])) " found 124 entries
В том числе локализованных в цитоплазме только с самыми плохими доказательствами функции (код IEA) 187 Query "((((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) & ((([uniprot-DBxref:C:cytoplasm*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) & [uniprot-DBxref_:GO*]) & ((((((((((((([uniprot-DBxref_:IEA.*] ! [uniprot-DBxref_:ISS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.*]) ! [uniprot-DBxref_:IDA.*]) ! [uniprot-DBxref_:TAS.*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.*]) ! [uniprot-DBxref_:IC.*]) ! [uniprot-DBxref_:ND.*]) ! [uniprot-DBxref_:NR.*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.*])) " found 187 entries

При выполнении данного задания использовалась общепринятая
иерархия кодов доказательств. Количество найденных белков с хорошими доказательствами функций преобладает над количеством белков с плохими доказательствами.


© Андреева Мария aka mashik 2006