исследовать качество аннотации функции у конкретной группы белков из организма Mus musculus.
Протеом Mus musculus
Результаты упражнения 1. Общее знакомство со структурой GO.
Описание функций пептиддеформилазы с помощью ресурсов EcoCyc.
Исследование качества аннотации функции у белков Mus musculus, входящих в состав цитоплазмы
Результаты поиска в UniProt, 18 мая 2006
Количество белков
Запрос
Всего
61634
Query "(([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) " found 61634 entries
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO
14952
Query "((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*])
& ((([uniprot-DBxref:C:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) " found 14952 entries
В том числе локализованных в цитоплазме
1370
Query "((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) & ((([uniprot-DBxref:C:cytoplasm*] & [uniprot-DBxref:F:*])
& [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) " found 1370 entries
В том числе локализованных в цитоплазме
только с самыми хорошими доказательствами функции (код IDA/TAS)
124
Query "((((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*])
& ((([uniprot-DBxref:C:cytoplasm*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) & [uniprot-DBxref_:GO*]) &
(((((((((((([uniprot-DBxref_:TAS.*] | [uniprot-DBxref_:IDA.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA.*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.*]) !
[uniprot-DBxref_:ISS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.*]) !
[uniprot-DBxref_:IPI.*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.*])
! [uniprot-DBxref_:IC.*]) ! [uniprot-DBxref_:ND.*]) ! [uniprot-DBxref_:NR.*])) " found 124 entries
В том числе локализованных в цитоплазме
только с самыми плохими доказательствами функции (код IEA)
187
Query "((((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) |
[uniprot-Organism:Mus musculus*]) & ((([uniprot-DBxref:C:cytoplasm*] & [uniprot-DBxref:F:*])
& [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) & [uniprot-DBxref_:GO*]) & ((((((((((((([uniprot-DBxref_:IEA.*] !
[uniprot-DBxref_:ISS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.*])
! [uniprot-DBxref_:IPI.*]) ! [uniprot-DBxref_:IDA.*]) ! [uniprot-DBxref_:TAS.*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.*])
! [uniprot-DBxref_:RCA.*]) ! [uniprot-DBxref_:IC.*]) ! [uniprot-DBxref_:ND.*])
! [uniprot-DBxref_:NR.*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.*])) " found 187 entries
При выполнении данного задания использовалась общепринятая иерархия кодов доказательств.
Количество найденных белков с хорошими доказательствами функций преобладает над количеством белков с плохими доказательствами.