Функции. Отнологии.

Цель работы — исследовать качество аннотации функции у конкретной группы белков из организма Mus musculus.

Исследование качества аннотации функции у белков Mus musculus, входящих в состав цитоплазмы

Протеом Mus musculus
Результаты поиска в UniProt, 18 мая 2006

	Количество белков	Запрос
Всего	61634	Query "(([uniprot-Organism:Mus] & [uniprot-Organism:musculus]) \| [uniprot-Organism:Mus musculus*]) " found 61634 entries
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	14952	Query "((([uniprot-Organism:Mus] & [uniprot-Organism:musculus]) \| [uniprot-Organism:Mus musculus]) & ((([uniprot-DBxref:C:] & [uniprot-DBxref:F:]) & [uniprot-DBxref:P:]) > parent )) " found 14952 entries
В том числе локализованных в цитоплазме	1370	Query "((([uniprot-Organism:Mus] & [uniprot-Organism:musculus]) \| [uniprot-Organism:Mus musculus]) & ((([uniprot-DBxref:C:cytoplasm] & [uniprot-DBxref:F:]) & [uniprot-DBxref:P:]) > parent )) " found 1370 entries
В том числе локализованных в цитоплазме только с самыми хорошими доказательствами функции (код IDA/TAS)	124	Query "((((([uniprot-Organism:Mus] & [uniprot-Organism:musculus]) \| [uniprot-Organism:Mus musculus]) & ((([uniprot-DBxref:C:cytoplasm] & [uniprot-DBxref:F:]) & [uniprot-DBxref:P:]) > parent )) & [uniprot-DBxref_:GO]) & (((((((((((([uniprot-DBxref_:TAS.] \| [uniprot-DBxref_:IDA.]) ! [uniprot-DBxref_:IEA.]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.]) ! [uniprot-DBxref_:IC.]) ! [uniprot-DBxref_:ND.]) ! [uniprot-DBxref_:NR.])) " found 124 entries
В том числе локализованных в цитоплазме только с самыми плохими доказательствами функции (код IEA)	187	Query "((((([uniprot-Organism:Mus] & [uniprot-Organism:musculus]) \| [uniprot-Organism:Mus musculus]) & ((([uniprot-DBxref:C:cytoplasm] & [uniprot-DBxref:F:]) & [uniprot-DBxref:P:]) > parent )) & [uniprot-DBxref_:GO]) & ((((((((((((([uniprot-DBxref_:IEA.] ! [uniprot-DBxref_:ISS.]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.]) ! [uniprot-DBxref_:IDA.]) ! [uniprot-DBxref_:TAS.]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.]) ! [uniprot-DBxref_:IC.]) ! [uniprot-DBxref_:ND.]) ! [uniprot-DBxref_:NR.]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.*])) " found 187 entries

При выполнении данного задания использовалась общепринятая иерархия кодов доказательств. Количество найденных белков с хорошими доказательствами функций преобладает над количеством белков с плохими доказательствами.

Результаты упражнения 1. Общее знакомство со структурой GO.

Описание функций пептиддеформилазы с помощью ресурсов EcoCyc.