Правильная скобочная структура дерева: ((A:80,B:80):10, C:90):10, ((E:30,F:30):5,D:35):60);
Корнем данного дерева является ген FadR из E.coli. Цифры на дереве обозначают количество нуклеотидных замен на 100 нуклеотидов. Для построения эволюционной модели, отвечающей данному дереву, была использована программа msbar из пакета программ EMBOSS. Был использован следующий скрипт:
msbar FadR.fasta 2.fasta -point 4 -count 102 -auto msbar FadR.fasta 3.fasta -point 4 -count 614 -auto msbar 2.fasta 4.fasta -point 4 -count 102 -auto msbar 2.fasta 5.fasta -point 4 -count 51 -auto msbar 3.fasta A.fasta -point 4 -count 819 -auto msbar 3.fasta B.fasta -point 4 -count 819 -auto msbar 4.fasta C.fasta -point 4 -count 922 -auto msbar 4.fasta D.fasta -point 4 -count 307 -auto msbar 5.fasta E.fasta -point 4 -count 358 -auto msbar 5.fasta F.fasta -point 4 -count 307 -auto
Определение эволюционного расстояния между нуклеотидными последовательностями
Сравнение методов реконструкции деревьев
Анализ филогенетических деревьев
Назад
Главная страница