Поиск мотивов в последовательности FadR

с помощью средств PROSITE

В базе данных PROSITE собрана коллекция сайтов, мотивов и доменов. Они описаны с помощью паттернов

С помощью программы ScanProsite ( Scan a protein for PROSITE matches ) были найдено 4 известных паттерна в последовательности FadR

Идентифи-катор

паттерна

( accession number )

Идентификатор документации

PROSITE и краткое описание или название паттерна в соответствии с этим документом

 

Паттерн (регулярное выражение )

Число мотивов,

обнаруженных

в FadR

PS00001*

PDOC00001:

сайт N-гликозилирования

N-{P}-[ST]-{P}.

1

PS00005*

PDOC00005:

Cайт фосфорилирования протеинкиназой С

[ST]-x-[RK].

3

PS00006*

PDOC00006:

Сайт фосфорилирования казеинкиназой

[ST]-x(2)-[DE].

2

PS00008*

PDOC00008:

Сайт N-миристоилирования

G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}.

2

PS50949***

PDOC00042:

GntR HTH домен

QSPAGFAEEYIIESIWNNRFPPGTILPAERELSELIGVTRTTLREVLQRLARDGWLTIQH GKPTKVNNF

1

**-дан профиль

Правила записи паттерна:

X-обозначает, что на данном месте может находиться любой аминокислотный остаток.

X(n)- любые аминокислотные остатки, число которых в точности равно n.

{ }- любой остаток, кроме заключенного в скобки.

[ ]- любой из перечисленных в скобках остаток.

Пример паттерна:

N-{P}-[ST]-{P}

Пример последовательности, удовлетворяющей данному паттерну:

NIST

 

На первую страницу

На второй семестр

Назад