Описание свойств FadR Ecoli в производных базах данных




  1. PROSITE
    PROSITE - это база данных, в которой хранятся биологически значимые сайты, паттерны, профили.Ее работа основана на том, что вначале выравниваются хорошо изученные семейства, затем в выравнивании идет поиск функционально важных остатков, среди которых выделяют 4-5 консервативных.На основе этих консервативных остатков строится паттерн, который отправляется в Swissprot.Если в этой базе данных находятся только правильные белки, содержащие этот паттерн, то поиск заканчивается, в противном случае паттерн увеличивается, чтобы исключить случайные совпадения с этим паттерном...Наша задача состояла в том, чтобы найти паттерны,встречающиеся в нашем белке.
  2. PFAM
    PFAM - база данных, содержащая большую коллекцию множественных выравниваний, доменов, семейств и профилей-НММ для них. Работа основана на первоначальном множественном выравнивании некоторого семейства, в дальнейшем для выравнивания строится профиль-НММ.После этого в базе данных аминокислотных последовательностей ищутсяновые члены данного семейства (группы). Наша задача состояла в том, чтобы найти домены в нашем белке.
  3. INTERPRO
    INTERPRO - сборная база данных, являющаяся объединением большого числа других независимых баз данных.Наша задача состояла в том, чтобы разобраться со структурой базы данных, научиться работать с ней...


    1. Доменная структура
    2. Мотивы в аминокислотной последовательности
    3. Данные InterPro

    На первую страницу

    На второй семестр