На главную страницу вторго семестра

Матрицы весов аминокислотных замен

  1. Изучение матрицы BLOSUM62
    Выбрал группы A, G, S, T и N, D, Q, E.
    Средний вес замены в группе A, G, S, T = 0,00
    Средний вес замены в группе N, D, Q, E = -0,83
    Средний вес замены между группами A, G, S, T и N, D, Q, E = -1,33
    Группа состоит из родственых аминокислот, поэтому среднии веса замен внутри группы больше чем между.
  2. Вычисление весов замен аминокислот на основе одного "блока"
    идентификатор блока: IPB011707B
     р-тат рассчетаиз матрицы blosum62
    sAA3.524
    sAC2.880
    sAD-1,531-2

    Результаты совпадают с данными матрицы blosum62 по порядку расположения,все кроме АС очень схожи по значению.
  3. Вычисление весов замен аминокислот на основе большой выборки
 р-тат рассчета по одному блокуиз матрицы blosum62р-тат рассчета по 200-ам блокам
sAA3.5243,774
sAC2.880-0,998
sAD-1,531-2-1,344

Как видно увеличение выборки улучшило соответствие, но не очень существенно...
Странно, что выданные частоты остатков не совпадают с теми, которые можно рассчитать, в этом случае веса выходят следующие:
 р-тат рассчета по 200-ам блокам
sAA3,306
sAC0,485
sAD-1,149

Как видно результаты схожие, и по "близости" к blosum62 примерно одинаковые
все проведенные рассчеты в excel
©Павел, Мазин