Банк EMBL

1. Сравнение разных записей в EMBL

На kodomo-count.cmm.msu.ru с помощью команды entret sw:P0A6F3 -auto , где P0A6F3 - AC исследуемого белка GLPK_ECOLI, был получен файл с записью SwissProt. В нем среди прочего содержится информация о соответствующих записях EMBL. Далее был произведен поиск по бд EMBL, запрос:

EMBL	ID	Molecule	Class	Division	SeqLength	DateCreated	Description
EMBL:U00096	U00096	genomic DNA	STD	PRO	4639675	23-FEB-2006	Escherichia coli K12 MG1655, complete genome.
EMBL:L19201	L19201	genomic DNA	STD	PRO	96484	31-AUG-1993	E. coli chromosomal region from 87.2 to 89.2 minutes.
EMBL:M18393	M18393	genomic DNA	STD	PRO	2028	16-JUL-1988	E.coli glp-kappa gene encoding glycerol kinase, complete cds.
EMBL:M55990	M55990	genomic DNA	STD	PRO	1504	21-JUL-1991	E.coli glycerol diffusion facilitator (glpF) and glycerol kinase (glpK) genes, complete cds.
EMBL:U41468	U41468	genomic DNA	STD	PRO	1506	24-DEC-1995	Escherichia coli glycerol kinase (glpK22) gene, partial cds.
EMBL:X15054	X15054	genomic DNA	STD	PRO	1170	06-JUL-1989	E. coli glpF gene for glycerol facilitator protein and partial glpK gene for glycerol kinase protein
EMBL:AP009048	AP009048	circular genomic DNA	STD	PRO	4646332	22-JAN-2006	Escherichia coli W3110 DNA, complete genome

2. Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

Последовательности, кодирующие белок GLPK_ECOLI в двух записях банка EMBL

	I	II
ID записи	M18393	AP009048
Начало гена в записи	37	3519459
Конец гена в записи	1545	3520967
Направление гена	прямое	прямое
Примечания

С помощью команды UNIX seqret и имеющихся сведений о начале, конце и направлении кодирующих последовательностей из полученных записей EMBL извлечены нуклеотидные последовательности, кодирующие белок GLPK_ECOLI(см. таблицу 2), в виде отдельных файлов GLPK_gene1.fasta и GLPK_gene3.fasta. С помощью программы neddle, сравнил данные последовательности, построив их глобальное выравнивание. (Использовалась матрица EDNAFULL, со штрафом за гэп - 10.0 и штрафом за продолжение гэпа - 0.5). Последовательности оказались сходны на 98.4%.

Gene1-Gene3.needle

Последовательности оказались сходными не на 100%, так как в начале M18393 находится фрагмент – «aatatgactacgggacaattaaac» отсутствующий в последовательности AP009048

В остальном они абсолютно идентичны.

3. Знакомство с записью гена из эукариотического генома

Изучил документ EMBL с идентификационным номером BA000025. Он содержит ген CSNK2B, находящийся в 6p21.3 хромосоме человека (Homo sapiens) и кодирующий бета субединица казеин киназы 2. Схематичное изображение структуры транслируемых участков гена CSNK2B (изображены только первый и последний транслируемые участки).

Ген находится на комплементарной цепи

<-[273962..274192]--...--[277125..277196]----

Всего в состав гена входит 6 экзонов.

Самый длинный экзон - второй(190)
Самый короткий экзон - шестой(72)
Самый длинный интрон - пятый(964)
Самый короткий интрон - второй(146)

Расчеты можно посмотреть в файле Count.xls

На главную страницу третьего семестра

На главную