Матрицы замен

Изучение матрицы BLOSUM62

Для работы я выбрал группы AGST и NDEQ.
Средний вес замен между разными аминокислотами:

1> 1-я группа = 0,

1> 2-я группа = 0.8333,

2> между группами -0,8125.

Внутри групп значения получаются положительными, что отражает сходство аминокислот, принедлежащих одной группе. Различие между значениями внутри двух групп объясняется большим взаимным родством аминокислот второй группы. Отрицательное значение среднего веса замен между разными группами говорит о меньшем сродстве аминокислот разных групп.

Вычисление весов замен аминокислот на основе одного "блока".

Блок, принадлежащий к белку GLPK_ECOLI был найден в базе данных BLOCKS. Среди найденных блоков был выбран наиболее "широкий", который я сохранил. Далее, пользуясь программой pairs_count.exe, получил файл block_pairs.txt с таблицей количеств различных пар аминокислот в найденном блоке. Затем таблица была импортирована в MS Excel. Результаты представлены в файле BLOCK.xls

blosum62.xls - в этом файле вы найдете матрицу, там производится расчет среднего веса замен внутри группы и между группами. Все раскрашено. Внимание: там два листа!

На главную страницу второго семестра

На главную