1. Определение, какая тРНК была использована
рибосомой при присоединении 4-ого аминокислотного остатка к растущей цепи
белка GLPK_ECOLI
Данные представлены в таблице:
|
Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка GLPK_ECOLI:
|
K
|
|
Соответствующий кодон:
|
5'-AAA-3'(вырожденная
позиция - последняя - A)
|
|
"Идеальный" (т.е. полностью комплементарный)
антикодон:
|
5'-UUU-3'
|
|
Сколько можно было бы ожидать разных tRNA для остатка K, если опираться на
генетический код?
|
Можно было ожидать 2 вариантов tRNA, т.к. в генетическом
коде используется 2 варианта для кодирования лизина: AAA, AAG
|
|
Сколько разных тРНК для остатка
K аннотировано
в геноме кишечной палочки?
|
Было найдено 6 записей лизиовой tRNA , причем в каждой кодоном являетяс ААR а антикодоном UUU.
|
|
Характеристика лейциновой tRNA1:
|
|
имя гена
|
локализация гена в геноме
|
распознаваемый кодон
|
антикодон
|
|
|
lysT
|
779777..779852
|
AAR
|
UUU
|
|
|
Результат поиска всех лейциновых тРНК у Escherichia coli
K-12*:
|
FT /note="codons recognized: AAR; anticodon: UUU lysine tRNA; FT /note="codons recognized: AAR; anticodon: UUU lysine tRNA; FT /note="codons recognized: AAR; anticodon: UUU lysine tRNA; FT /note="codons recognized: AAR; anticodon: UUU lysine tRNA; FT /note="codons recognized: AAR; anticodon: UUU lysine tRNA; FT /note="codons recognized: AAR; anticodon: UUU lysine tRNA; |
|
Команды, использованные при выполнении данного упражнения:
grep "codon.*lysine" ecoli.embl > .grep_ecoli.txt
seqret -sask ecoli.embl
(в качестве параментров указывались координаты и имя выходного файла). В
рез-те получен файл с последовательностью тРНК.
2. Поиск гомологичных тРНК в родственном геноме
Задача - найти в геноме Bacillus subtilis
последовательность, наиболее похожую на последовательность тРНК из E.coli,
выбранную в упр. 1. Найденные данные сведены в таблицу. Поиск проводился с
помощью 4-х разных программ для быстрого поиска сходных нуклеотидных
последовательностей.
|
Программа
|
FASTA
|
BLASTN
|
MegaBLAST
|
discontiguous MegaBLAST
|
|
Длина якоря
|
6
|
11
|
28
|
11 или 12 нуклеотидов
|
|
Результаты поиска
|
файл
|
файл
|
файл
|
файл
|
|
Число находок с E-value
< 0,01
|
1
|
4
|
-
|
2
|
|
Характеристика лучшей находки:
|
|
E-value
|
0.0013
|
9e-10
|
-
|
9e-10
|
|
длина
выравнивания
|
76
|
57
|
-
|
59
|
|
вес
выравнивания
|
137
|
58
|
-
|
58
|
|
координаты
в геноме
|
213080..213156
|
4010730..4214630
|
-
|
4010730..4214630
|
|
Аннотация лучшей находки по
записи EMBL:
|
|
имя
гена
|
yxxG
|
trnY-Lys
|
-
|
trnY-Lys
|
|
это
тРНК?
|
нет
|
да
|
-
|
да
|
|
это
тоже лизиновая тРНК?
|
нет
|
да
|
-
|
да
|
|
|
|
|
|
|
|
Команды, использованные при выполнении данного
упражнения:
formatdb -i bs_genome.fasta -n bs -p F
blastall -p blastn -d bs -i leuT.fasta -o
result_blastn.txt
fasta34 leuT.fasta bs_genome.fasta 6
megablast -d bs -i leuT.fasta -D 2 -o
result_mega.txt
megablast -d bs -i leuT.fasta -D 2 -N 1 -W 11
-t 21 -o result_dismega.txt
Комментарии
При поиске с помощью программы MegaBLAST ничего не было найдено. Это
объясняется тем, что длина якоря очень велика (28 нуклеотидов). Программа
discontiguous MegaBLAST выдала 3 выравнивание, и его координаты в геноме
практически совпали с координатами в одном из выравниваний в BLASTN.
|