Классификация функций. Ферменты.

Описание заданного кода фермента EC 2.7.2.3 в базе данных IUPAC :

• Первая цифра определяет, к какому типу ферментов относится данное вещество,т.е.ферменты EC 2 являются трансферазами.
• Вторая цифра говорит о характере переносимого соединения, например, EC 2.7 переносит фосфоросодержащие группы.
• Код EC 2.7.2 обозначает фосфотрансферазы, использующие в качестве акцептора карбоксильную группу.
• Код EC 2.7.2.3 обозначает конкретное вещество, а именно фосфоглицераткиназу .

Схема ферментативной реакции.

Ингибиторами данного фермента являются:сурамин, гексацианид кобальта, 1,5-бифосфоглицерат, аденозиндифосфат, инозитолмонофосфат, цитрат, сульфат аммония, ионы кобальта, магния, кальция и цинка.Некоторые из них приведены ниже.

Активаторами данного фермента являются 1,3-дифосфоглицерат, сульфат ионы, цитраты, селенаты и сукцинаты натрия.

Сравнение ферментов с одинаковым кодом (EC) из эволюционно далеких организмов

С помощью SRS в банке Swiss-Prot был проведен поиск.Структура запроса следующая:

Query "([swissprot-ECNumber:2.7.2.3*] & (([swissprot-ID:*_ECOLI*] | [swissprot-ID:*_HUMAN*]) | [swissprot-ID:*_Metja*])) " 

Порядковый номер	ID последовательности	AC последовательности	Идентификатор домена Pfam	Положение в последовательности
1	PGK1_HUMAN	P00558	PF00162	2-413
2	PGK2_HUMAN	P07205	PF00162	2-413
3	PGK_ECOLI	P0A799	PF00162	1-380
4	PGK_METJA	Q58058	PF00162	1-407

Домены Pfam вырезались вручную(AC - номер последовательности):
seqret sw:AC -sask1
Ниже можно ознакомится

• со скриптами, использовавшимися для получения значений попарной идентичности и выравниваний
• непосредственно с выравниваниями.

Значения попарной идентичности различных доменов приведены в таблице:

Пара последовательностей	Значения попарной идентичности
HUMAN1-HUMAN2	87,4%
HUMAN1-METJA	35,9%
HUMAN1-ECOLI	36.8%
HUMAN2-METJA	35.2%
HUMAN2-ECOLI	36.7%
METJA-ECOLI	36.3%