Пр13
Сравнение выравниваний Tcoffee, Muscle and Mafft
Сравнение проводилось программой
Сравнение проводилось на последовательностях Seed для доменной архитектуры PF00001
| Программы | Идентичные блоки | Соответствия |
|---|---|---|
| Tcoffee and Muscle |
30,44=26,40 57,61=59,63 95,113=91,109 133,133=129,129 141,149=137,145 484,484=409,409 488,512=413,437 522,598=444,520 605,605=527,527 615,627=543,555 632,642=560,570 676,678=583,585 865,890=605,630 927,932=669,674 971,984=711,724 |
30=26, 31=27, 32=28, 33=29, 34=30, 35=31, 36=32, 37=33, 38=34, 39=35, 40=36, 41=37, 42=38, 43=39, 44=40, 57=59, 58=60, 59=61, 60=62, 61=63, 95=91, 96=92, 97=93, 98=94, 99=95, 100=96, 101=97, 102=98, 103=99, 104=100, 105=101, 106=102, 107=103, 108=104, 109=105, 110=106, 111=107, 112=108, 113=109, 133=129, 141=137, 142=138, 143=139, 144=140, 145=141, 146=142, 147=143, 148=144, 149=145, 484=409, 488=413, 489=414, 490=415, 491=416, 492=417, 493=418, 494=419, 495=420, 496=421, 497=422, 498=423, 499=424, 500=425, 501=426, 502=427, 503=428, 504=429, 505=430, 506=431, 507=432, 508=433, 509=434, 510=435, 511=436, 512=437, 522=444, 523=445, 524=446, 525=447, 526=448, 527=449, 528=450, 529=451, 530=452, 531=453, 532=454, 533=455, 534=456, 535=457, 536=458, 537=459, 538=460, 539=461, 540=462, 541=463, 542=464, 543=465, 544=466, 545=467, 546=468, 547=469, 548=470, 549=471, 550=472, 551=473, 552=474, 553=475, 554=476, 555=477, 556=478, 557=479, 558=480, 559=481, 560=482, 561=483, 562=484, 563=485, 564=486, 565=487, 566=488, 567=489, 568=490, 569=491, 570=492, 571=493, 572=494, 573=495, 574=496, 575=497, 576=498, 577=499, 578=500, 579=501, 580=502, 581=503, 582=504, 583=505, 584=506, 585=507, 586=508, 587=509, 588=510, 589=511, 590=512, 591=513, 592=514, 593=515, 594=516, 595=517, 596=518, 597=519, 598=520, 605=527, 615=543, 616=544, 617=545, 618=546, 619=547, 620=548, 621=549, 622=550, 623=551, 624=552, 625=553, 626=554, 627=555, 632=560, 633=561, 634=562, 635=563, 636=564, 637=565, 638=566, 639=567, 640=568, 641=569, 642=570, 676=583, 677=584, 678=585, 865=605, 866=606, 867=607, 868=608, 869=609, 870=610, 871=611, 872=612, 873=613, 874=614, 875=615, 876=616, 877=617, 878=618, 879=619, 880=620, 881=621, 882=622, 883=623, 884=624, 885=625, 886=626, 887=627, 888=628, 889=629, 890=630, 927=669, 928=670, 929=671, 930=672, 931=673, 932=674, 971=711, 972=712, 973=713, 974=714, 975=715, 976=716, 977=717, 978=718, 979=719, 980=720, 981=721, 982=722, 983=723, 984=724 |
| Tcoffee and Mafft |
26,26=27,27 30,42=29,41 57,58=57,58 110,113=111,114 286,286=277,277 290,291=281,282 357,387=327,357 390,405=360,375 444,447=411,414 468,477=435,444 493,496=460,463 535,551=500,516 562,598=527,563 605,605=570,570 615,627=580,592 632,638=597,603 676,678=620,622 865,887=642,664 889,889=666,666 978,984=796,802 |
26=27, 30=29, 31=30, 32=31, 33=32, 34=33, 35=34, 36=35, 37=36, 38=37, 39=38, 40=39, 41=40, 42=41, 57=57, 58=58, 110=111, 111=112, 112=113, 113=114, 286=277, 290=281, 291=282, 357=327, 358=328, 359=329, 360=330, 361=331, 362=332, 363=333, 364=334, 365=335, 366=336, 367=337, 368=338, 369=339, 370=340, 371=341, 372=342, 373=343, 374=344, 375=345, 376=346, 377=347, 378=348, 379=349, 380=350, 381=351, 382=352, 383=353, 384=354, 385=355, 386=356, 387=357, 390=360, 391=361, 392=362, 393=363, 394=364, 395=365, 396=366, 397=367, 398=368, 399=369, 400=370, 401=371, 402=372, 403=373, 404=374, 405=375, 444=411, 445=412, 446=413, 447=414, 468=435, 469=436, 470=437, 471=438, 472=439, 473=440, 474=441, 475=442, 476=443, 477=444, 493=460, 494=461, 495=462, 496=463, 535=500, 536=501, 537=502, 538=503, 539=504, 540=505, 541=506, 542=507, 543=508, 544=509, 545=510, 546=511, 547=512, 548=513, 549=514, 550=515, 551=516, 562=527, 563=528, 564=529, 565=530, 566=531, 567=532, 568=533, 569=534, 570=535, 571=536, 572=537, 573=538, 574=539, 575=540, 576=541, 577=542, 578=543, 579=544, 580=545, 581=546, 582=547, 583=548, 584=549, 585=550, 586=551, 587=552, 588=553, 589=554, 590=555, 591=556, 592=557, 593=558, 594=559, 595=560, 596=561, 597=562, 598=563, 605=570, 615=580, 616=581, 617=582, 618=583, 619=584, 620=585, 621=586, 622=587, 623=588, 624=589, 625=590, 626=591, 627=592, 632=597, 633=598, 634=599, 635=600, 636=601, 637=602, 638=603, 676=620, 677=621, 678=622, 865=642, 866=643, 867=644, 868=645, 869=646, 870=647, 871=648, 872=649, 873=650, 874=651, 875=652, 876=653, 877=654, 878=655, 879=656, 880=657, 881=658, 882=659, 883=660, 884=661, 885=662, 886=663, 887=664, 889=666, 978=796, 979=797, 980=798, 981=799, 982=800, 983=801, 984=802 |
| Программы | Длина | Процент идентичных колонок |
|---|---|---|
| Tcoffee vs Muscle |
Tcoffee: 984 Muscle: 724 |
Tcoffee: 22.97% Muscle: 31.22% |
| Tcoffee vs Mafft |
Tcoffee: 984 Mafft: 802 |
Tcoffee: 20.02% Mafft: 24.56% |
Видно, что Muscle, выровнял точнее (к результату Tcoffee) по проценту идентичных колонок, чем Mafft. Но Mafft нашел больше блоков и колонок. Также стоит заметить, что для Tcoffee понадобилось больше всего времени на выравнивание, тогда как между Muscle и Mafft разница незначительна.
Выравнивание по совмещению структур
Было проведено два выравнивание PDB. Различий практически не обнаружено(структурных), что обозначает их функциональное сходство.
Белки, взятые для сравнения: 2KSA, 2YDO, 2I35
Было проведено сравнение структурного выравнивания PDB и программой MSA
| Программы | Идентичные блоки | Соответствия |
|---|---|---|
| PDB and MSA |
1 - 1 5 - 6 10 - 72 370 - 371 |
1=1, 5=5, 6=6, 10=10, 11=11, 12=12, 13=13, 14=14, 15=15, 16=16, 17=17, 18=18, 19=19, 20=20, 21=21, 22=22, 23=23, 24=24, 25=25, 26=26, 27=27, 28=28, 29=29, 30=30, 31=31, 32=32, 33=33, 34=34, 35=35, 36=36, 37=37, 38=38, 39=39, 40=40, 41=41, 42=42, 43=43, 44=44, 45=45, 46=46, 47=47, 48=48, 49=49, 50=50, 51=51, 52=52, 53=53, 54=54, 55=55, 56=56, 57=57, 58=58, 59=59, 60=60, 61=61, 62=62, 63=63, 64=64, 65=65, 66=66, 67=67, 68=68, 69=69, 70=70, 71=71, 72=72, 370=372, 371=373 |
| Программы | Длина | Процент идентичных колонок |
|---|---|---|
| PDB vs MSAprobs |
PDB: 371 MSAprobs: 384 |
PDB: 18.33% MSAprobs: 17.71% |
Можно увидеть, что оба выравнивания нашли крупный блок: 10-72, что говорит о частичном сходстве процесса выравнивания, однако имеются серьезные различия т.к. остальные участки последовательностей были выравнены по-разному.
Несмотря на большие различия в выравнивании PDB по сравнению с MSAprobs, можно сказать, что выравнивание PDB успешное т.к. структурно оно правильное, а значит можно говорить о функциональных сходствах этих белков
Описание программы T-Coffee
T-Coffee — это инструмент для множественного выравнивания последовательностей с высокой точностью. Алгоритм сочетает глобальные и локальные методы выравнивания, улучшая точность по сравнению с ClustalW и MUSCLE. Высокая точность достигается за счёт использования библиотеки попарных выравниваний и учёта контекстных зависимостей. Поддерживает структурное выравнивание (3D-информация), что повышает достоверность для белков. Включает режим Expresso для автоматического использования структурных шаблонов из PDB. Позволяет интегрировать внешние выравнивания (MAFFT, ProbCons), усиливая точность. Поддерживает выравнивание с учётом доменов (регистровых сдвигов в белках). Работает в командной строке и через веб-интерфейс, поддерживая сложные сценарии анализа. Источник: Официальный сайт T-Coffee.