Практикум 10

1. Найдите в Swissprot гомологи вашего белка

Мой белок - CAA42196.1

При запуске были использованы следующие параметры :

Enter Query Sequence: CAA42196.1

Databade: UniProtKB/Swiss-Prot(swissprot)

Algorithm: blastp (protein-protein BLAST)

Max target sequences: 100

Expect threshold: 0.05

Word size: 6

Matrix: BLOSUM62

Gap costs: Existence: 11 Extension: 1

Filter: Low complexity regions

Текстовая выдача программы доступна по ссылке

В выдаче 9 белков . Среди них я выбрал 6 : P11568.2 ( исходный белок ) ; G3KIM5.1 ; Q93AM0.1 ; Q5U925.1 ; P39383.2 ; Q60315.1 .

Cсылка на множественное выравнивание этих белков. У них много консервативных участков , потому я думаю что они все гомологичны .

2. Найдите в Swissprot гомологи зрелого вирусного белка, вырезанного из полипротеина

Был выбран полипротеин со следующими характеристиками:

ID: POLN_SAGV

AC: Q9JGL0 ; Q9JGK9

OS: Sagiyama virus (SAGV)

Для дальнейшей работы я выбрал белок Protease nsP2 с координатами 535-1332 .

Ссылка на фрагмент последовательности.

При запуске были использованы те же параметры , то упомянуты выше . Ссылка на текстовую выдачу программы.В результате выдачи я получил 31 белок. Среди них я выбрал 6: Q9JGL0.3 (исходная последовательность), Q5Y389.3 , P13887.2 , P08411.2 , Q8QZ73.3 , P13886.2 .

Ссылка на множественное выравнивание этих белков . Они однозначно гомологичны.

3. Исследование зависимости E-value от объёма банка

Я выполнил аналогичный запрос, но в этот раз применил фильтр по организмам (Viruses (taxid:10239)) . В результате запроса я получил 33 белка. Пример белка, изменившего свое E-value - Q08534.2 . Его значения при запросе без ограничений - 2e-06 , а с ограничением - 9e-08. То есть оно стало меньше.

E-value(vir)/E-value * 100% = 4.5%