Для данного практикума мне на рассмотрение был предоставлен список из 17 ID генов человека. Сложно сказать, за что отвечают представленные гены, потому что их аббревиатуры мне ни о чём не говорят, но можно сделать предположение, что эти гены как-то между собой связаны, раз дали такой список генов :) Буду пытаться установить эту взаимосвязь.
Как было сказано ранее, не ясно, в каких процессах участвуют продуктых данных генов, это можно выяснить с помощью базы данных GENE ONTOLOGY (GO). Сама база данных представляет собой граф биологических терминов, соединённых различными отношениями. Узлы графа называются терминами GO, и они могут иметь любое количество связей с любыми другими узлами. В базе данных GO есть 3 главных группы терминов:
Итак, чтобы понять, в каких биологических процессах участвуют рассматриваемые гены, был сделан запрос по исследуемым генам в GO со следующими параметрами:
Была получена таблица из 69 терминов (таблица отсортирована по p-value в порядке возрастания). При этом все находки значимы, так как их p-value меньше 0.05.
По таблице видно, что данные гены связаны с различными процессами, затрагивающими гиалуроновую кислоту, которая является одним из 7 типов гликозаминогликанов (эту информацию я нашла здесь). В таблице (смотри Рис. 2.) видно, что 12 генов участвуют в метаблизме гликозаминогликанов, получается, что есть гены, которые участвуют не только в метаблизме гиалуроновой кислоты, но и в метаблизме других типов гликозаминогликанов (16 генов участвуют в метоболизме гиалуроновой кислоты).
Как известно гиалуроновая кислота необходима для молодости кожи, вот было бы очень интересно посмотреть на эксперессию этих генов у Джареда Лето, который с годами не стареет (он вампир?).
Поскольку все гены, которые были рассмотрены, связаны с метаболизмом гликозаминогликанов, я решила проверить, а связаны ли эти гены с какими-нибудь другими биологическими процессам помимо метаболизма гликозаминогликанов, что можно проверить с помощью базы данных Reactome (на самом деле, да, связаны, это было видно в таблице результатов поиска в GO, но это были какие-то отдельные биологические процессы, которые сложно классифицировать, а Reactome делает это довольно удобно, что можно увидеть ниже).
Рассмотрим выдачу подробнее.
![]() |
![]() |
Рис. 6. Метаболизм гиалуроновой кислоты. | Рис. 7. Деградация CD/SD (chondroitin sulfate/dermatan sulfate). |
Помимо метаболизма гликозаминогликанов видим ещё деградацию хондроитинсульфатов (CD) и дерматансульфатов (SD), которые является важными структурными компонентами хрящевой ткани (об этом узнала из ссылок, закреплённых за каждым веществом).
Гликосфинголипиды входят в состав клеточной мембраны и играют важную роль онкогенезе и онтогенезе.
Как я поняла по разным источникам в Интернете, те же IGF2BPs связываются с мРНК инсулиноподобного фактора роста-2 и регулируют тем самым экспрессию этой мРНК.
Нейтрофилы - это вид лейкоцитов, которые борются с патогенными микроорганизмами: бактериями, грибками, простейшими.
Мукополисахаридозы - группа наследственных болезней обмена веществ, связанных с нарушением метаболизма гликозаминогликанов, приводящее к поражению органов и тканей. Обусловлены данные заболевания мутациями генов, контролирующих процесс внутрилизосомного гидролиза макромолекул.
Если кратко, то рецепторы-мусорщики участвуют в поддержании гомеостаза.
Клетки кумулюса - это специализированные клетки, которые окружают и питают ооцит в процессе роста и развития.
Блестящая оболочка - гликопротеиновая оболочка вокруг плазматической мембраны яйцеклетки млекопитающих.
Итак, был проанализирован выданный список ID генов при помощи 2 баз данных: GO и Reactome. Стало понятно, что список генов неслучаен, все они связаны с метаболизмом гликозаминогликанов, что сначала было выяснено с помощью базы данных GO, а затем подтверждено базой Reactome, которая также показала, на какие ещё процессы в органиме человека способны влиять рассматриваемые гены.